化肥施用不合理，尤其是氮肥施用过多，是连作蔬菜大棚土壤障害的主导因素。因此平衡施肥是大棚蔬菜生产、高产、优质、的关键措施。
(1)氮磷钾合理施用，总的原则是控氮、稳磷、增钾。一般块根、块茎类蔬菜以磷钾肥为主，配施氮肥；叶菜类以氮肥为主，适施磷钾肥；瓜果类蔬菜以氮钾肥为主，配施磷肥。施用上氮肥、钾肥50%作基肥，磷肥作基肥。基肥应全层施用与土壤混匀，追肥则结合灌溉进行冲施。
(2)可适量施用速溶微肥和生物肥料，以防止缺素症的发生。
(3)根据作物生长不同时期养分需求规律，结合灌水补施相应的冲施肥。