番茄出现果实子粒外露的主要原因，是由于花器和果实不能正常发育所致。
番茄能否发育成正常果，主要取决于花芽分化的质量。番茄果实，尤其是、第二穗果子粒外露，主要是在番茄育苗移栽时，遇到高温或低温造成的。通常番茄幼苗长至6片真叶时，已完成了1、2、3、4花序的花芽分化，当幼苗期这些花序分化花芽形成花器时，若遇低温或高温、水分不足、氮肥过多，即会导致花芽过度分化，形成多心皮畸形花，结出的果实前期就会出现畸形。
有时在育苗期或移栽期间因低温或干旱持续时间较长，昼温低、昼夜温差较小、氮素供应不足，幼苗生育处在抑制条件下，花器易木栓化。
此后转入适宜条件时，先形成的木栓化组织不能适应内部新组织的迅速生长，则形成裂果、疤果、子粒外露果等畸形果。