韭菜迟眼蕈蚊是危害韭菜的重要害虫，轻者造成韭菜黄叶倒伏，重者缺苗断垄，甚至毁种。
迟眼蕈蚊以幼虫危害韭菜地下鳞茎和假茎基部，除危害韭菜外，还危害葱、蒜、莴苣、芋及十字花科蔬菜等。初孵幼虫危害韭菜叶鞘基部和鳞茎上端，春秋两季主要危害韭菜幼茎引起腐烂，造成叶片枯黄、植株枯死；夏季幼虫向下活动蛀入鳞茎，严重时造成鳞茎腐烂，整株死亡。
韭菜迟眼蕈蚊在东台地区露地一年发生6代，世代重叠严重，以幼虫在韭菜鳞茎内或韭根周围3～4厘米表土层中休眠越冬，温室大棚无越冬现象，可持续繁殖危害。卵产在植株周围的土缝内或土块下，大多成堆，次年3月上旬开始化蛹，持续到4月底；幼虫孵化后分散危害。3月中旬至5月上旬为越冬代成虫发生期，以5—7月危害严重。成虫喜阴湿、弱光环境，上午9—11时飞翔活跃，环境高湿、土壤过湿或过干不利于其发生。