杂交稻种发生损芽的原因。
1.酒精中毒
在浸种吸水时，稻种以无氧呼吸为主，需氧量较少。一旦进入萌动，就转为以有氧呼吸为主，需氧量迅速增大，如果此时供氧不足，稻种被动地以无氧呼吸为主，造成体内酒精大量积聚，发生酒精中毒，种子发粘发臭引起损种损芽。如果稻种长期泡水，水源不能及时更新，水中溶氧量大幅下降，稻种就会发生酒精中毒。
2.霉菌感染
每批种子中都有一些携带病菌的死种子，种子在浸泡过程中，好种子内容物及坏种子内养分不断渗出，如果水源不及时更新，水中养分不断积累，霉菌得到丰富营养得以大量繁殖，既直接感染好种子，又消耗水中氧气，间接引发酒精中毒。
3. 高温烧芽
种子崩胸至落谷，温度达35℃以上，就会发生烧芽。种子崩胸前后，种子生理呼吸旺盛，种堆升温快，如果控温不及时，一旦超过35-40℃，种子就失去生命力。在长根长芽期，如果种堆温度超过25℃以上，根芽生长不健壮，重则烧芽，轻者播后“只长芽，不扎根”。搞薄膜覆盖的，在播种后，温度升高未能及时揭膜，旱秧薄膜下草层不厚，也易引起烧苗。
4.缺氧闷芽
种子出苗期间需要充足的氧气，否则会发生出苗不齐的现象。如湿润育秧，秧板不沉实，种芽陷得深，出苗率就低，且出苗不齐，出苗推迟。薄膜育秧，如薄膜紧贴畦面，畦面下种子就会因缺氧而不能出苗。
5. 立枯死苗
种芽出苗后，气温低或温差过大，就可能发生立枯病及其它病害，造成死苗。如薄膜育秧、旱育秧，不上水陡揭膜，都可造成死苗。
另外，秧池基肥中化肥过多，造成土壤中氨气过多，秧苗根系中毒死苗；还有除草剂使用不当易造成死苗。