双孢菇采用干越冬和湿越冬两种方法管理。
干越冬是指在整个越冬期停止为双孢菇喷水，使菇床通风干燥，待翌年春季再进行管理。
湿越冬是指秋菇生产结束后，床面停止喷水，菇棚通风10～15天，让覆土层基本干燥。在菌床上面打孔，并松动覆土层，使菌层呈蜂窝状。拣去残根死菇，平整床面，补充覆土层的土壤，调水至覆土层潮湿为止。调水结束后盖上新鲜草木灰，每平方米用2～2．25公斤。在晴天、无风天气，应将菇棚南边的窗户打开 2～3小时；在阴天、寒冷天气，每2～3天开一次窗，时间可以短些，以保持菇棚空气新鲜。待春节以后，每平方米床面用10公斤5%的澄清石灰水重调一次，然后按上述办法通风换气，直至进行春季管理为止。
干越冬和湿越冬这两种方法，取其一的话应采用湿越冬这种管理方法好。