甘蔗贮藏期的管理是很重要的，由于甘蔗贮种量大，含水多，种苗贮藏期间抓紧防热、防冻、防渍、防鼠等，并按前、中、后三个阶段管理。
前期即进窖至12月中旬，这段时间气温较高，甘蔗呼吸作用强，窖内温度容易上升。在管理上应坚持通气散热。如遇高温干早，则灌水或浇水降温，防止种苗生理脱水。
中期即12月下旬至2月初，这个阶段气温低，常有霜雪冰冻。管理上采取加盖种土，扫除窖上积雪，防冻保种。同时，防止鼠害。
后期即2月中旬后气温回升，管理上要及时扒土松窖，防止高温烧种。
甘蔗贮藏时期蔬菜低温季节，保温这方面是很重要的。