秸秆还田在当前的农业中是很常见的，在玉米种植中更为常见，秸秆还田的应用有一定的优势，但是本身也有很多的不足之处。
秸秆粉碎翻压还田,就是把作物收，获后的秸秆通过机械化粉碎，耕地，直接翻压在土壤里。这样能的优点有四：1、改善土壤理化性质。2、把秸秆的营养物质的保留在土壤里。3、提高化肥利用率。4、提高作物抗旱抗盐碱性。
但也有不足之处，表现如下：
1.由于秸秆还田量过大或不均匀易发生土壤微生物（即秸秆转化的微生物）与作物幼苗争夺养分的矛盾，甚至出现黄苗、死苗、减产等现象。所以一般每亩秸秆粉碎翻压还田不超过300公斤，多不超过500公斤，否则，会影响秸秆在土壤中的分解速度及作物产量。因此在秸秆直接还田时，一般还应适当增施一些氮肥，缺磷的补施磷肥，但这样又会增加秸秆还田的成本，有时农民也不乐意。
2.秸秆翻压还田后，使土壤变得过松，孔隙大小比例不均、大孔隙过多，导致跑风，土壤与种子不能紧密接触，影响种子发芽生长，使小麦扎根不牢，甚至出现吊根。我们应该采取的措施是适时灌水，或用石硫碾压，使土壤与种子接触紧密，能够正常发芽。或者是加大粉碎细度，达到3.5厘米以下，但这样就会增加能耗，加大成本。
3.易发生病虫害。秸秆中的虫卵、带菌体等一些病虫害，在秸秆直接粉碎过程中无法杀死，还田后留在土壤里，病虫害直接发生或者越冬来年发生。目前还没有有效的措施进行处理。
4.目前我国农村的耕作制度，不适合大面积的机械作业，农民都是一家一户，土地面积小，大面积，的农业机械作业还推广不开，小面积的秸秆机械还田成本高，农民不易接受而且技术不成熟，在晴朗干燥的天气作业造成黄土飞扬、尘埃满天的污染。
目前秸秆还田有多种形式，可分为5大类：秸秆粉碎翻压还田、秸秆覆盖还田、堆沤还田、焚烧还田、过腹还田。想要更好的应用好秸秆还田，我们应减少它应用上的不足，才能起到更好的效果！