为了找出番木瓜高产栽培与合理施肥模式之间的平衡点，确保番木瓜高产优质，肥料施用模式经济。番木瓜在其生长过程中，所需的养分很大，而大多数则从化肥中所获取，在台湾，番木瓜的化肥施用一般施基肥1000公斤/公顷。追肥则视实际需要，沙质地每 1—1.5个月施肥一次，每次100—150克，壤土每2—3个月施一次，每次200—300克，即每株每年约1.25公斤。幼年树采用环状沟施，结果树采用条沟施或畦沟撒施。
据印度研究结果表明，建议番木瓜单株年施氮200克、五氧化二磷300克、氧化钾600克可获较佳产量，而果实品质以氮200克、五氧化二磷200克、氧化钾200克较好。有机肥的年施用量，推荐为氮15克/株，折合腐熟猪粪5公斤/株，或牛栏肥4—6公斤/株。巴西推荐氮肥每年每株施343克。在哥伦比亚，番木瓜在移植后4个月内，每月施氮一次，每株分别为10、10、20和30克，随后每两个月一次，每次均为50 克，年氮总施用量为366公斤/公顷，产量每株可达66公斤，即每公顷110吨。
一般种过番木瓜的人应该都知道，番木瓜周年开花结果，所需大量和微量元素养分必须充足。所以肥料的施用是很重要的。