近年来西红柿的死棵问题严重影响产量和效益，给西红柿种植户带来了极大的困扰。造成西红柿死棵烂秧可以分为真菌性和细菌性两大病害，真菌性病害包括根腐病和枯萎病，细菌性病害主要是细菌性髓部坏死病和细菌性溃疡病。
西红柿根腐病
疫霉根腐：发病初于茎基或根部产生褐斑，逐渐扩大后凹陷，严重时病斑绕茎基部或根部一周，致地上部逐渐枯萎；纵剖茎基或根部，导管变为深褐色，后根茎腐烂，不长新根，植株枯萎而死。与腐皮镰孢根腐病的区别是根部表皮不易脱落。
腐霉根腐：植株茎基部在土表上下2公分-3公分处出现水渍状暗绿色病斑，根系的须根和次生根出现水渍状淡褐色腐烂，不长新根，随后发展到主根和根茎处，出现淡褐色表皮，纵剖根茎维管束为浅褐色至褐色病变，表皮腐烂后容易脱落。
西红柿枯萎病：开花结果期始发，病初仅茎一侧自下而上出现凹陷区，致一侧叶片发黄，变褐后枯死；有的半个叶序或半边叶变黄；也有的从植株距地面近的叶序始发，逐渐向上蔓延，除顶端数片完好外，其余均枯死。剖开病茎，维管束变褐。湿度大时，病部产生粉红色霉层，即病菌的分生孢子梗和分生孢子。造成茎部受害的细菌性病害主要是细菌性髓部坏死病和细菌性溃疡病。
髓部坏死：番茄细菌性髓部坏死病主要危害茎和分枝，叶片果实也会受害，症状表现多在番茄的青果期发生。发病初期植株上中部叶片失水萎蔫，部分复叶的少数小叶片边缘褪绿下部病茎变硬。茎表面发生黑色或褐色坏死斑。茎部长出不定根，而后在不定根附近出现至黑褐色斑块，病斑长度在5-10厘米不等，表皮质硬。
溃疡病：多为成株染病，发病初期植株下部叶片向上纵卷，凋萎下垂，部分植株出现萎蔫，后期，病叶叶缘枯黄，叶脉间变黄，全叶变褐枯萎，但不脱落。茎部受害，生狭长条斑，扩展迅速，后期病斑开裂，茎干增粗，产生大量气生根，髓部中空腐烂，有臭味散出，严重时植株枯死。
综合防治
在管理过程中一定要做好根系的养护工作，通过灌根等措施来保持根系的活力和强大。
抓住防治的关键时期，西红柿在三穗果时期，是营养生长和生殖生长并存的关键时期，也是病害的侵染期，所以在此时期做好预防工作。
进行灌根或药剂冲施。如发病初期，合理选择冲杀菌剂+养根类产品，对土壤病菌进行杀灭的同时，改善根系生存状态，能起到较好的预防效果。
土壤处理。上述病菌多数存于土壤当中，又被称为“土传性病害”。所以，做好土壤的杀菌工作是防治的前提。在休棚期，可以深翻和灌大水，对土壤的残存病菌进行物理法处理。也可利用高温季节的休棚期，密闭棚室，进行高温处理。