微生物肥料又称生物肥料、接种剂或菌肥等，是指以微生物的生命活动为核心，使农作物获得特定的肥料效应的一类肥料制品。按作用特性可分为两类：
1、微生物接种剂
利用多孔的物质作为吸附剂（如草炭），吸附发酵液而制成菌剂。这种菌剂用于拌种或蘸根，一方面，肥料中的有益微生物通过其生命活动增加植物营养元素的供应，改善植物根际微生态环境；另一方面，有益微生物可通过非特异性拮抗作用，在作物根面、根际与病原微生物形成空间竞争，抑制或降低病虫害的发生频率和危害程度，从而达到作物增产的目的。
2、复合微生物肥料
此类肥料属于复混肥的范畴其复混内容和形式比较多样，包括多种微生物的组合、有益微生物与不同添加剂的组合等，其中添加剂包括有机物（畜禽粪便、革炭、褐煤等）、无机物（化肥、微量元素）等多种添加剂的复合制品。
微生物肥料的功效是一种综合性作用，一般不直接为农作物提供营养元素，主要起间接营养的作用，归纳起来主要有如下几方面：
增进土壤肥力
这是微生物肥料的主要作用之一。例如各种自生、联合或共生的固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素含量；多种溶磷、解钾的微生物，如芽孢杆菌、假单胞菌的应用，可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，转变为作物能吸收利用的磷、钾化合物，使作物生长环境中的营养元素供应增加。一些微生物肥料的应用，增加了土壤中的有机质，提高了土壤的肥力。
刺激作物生长
有些微生物肥料中的微生物还可分泌植物类物质、维生素等，刺激和调节作物生长发育。例如，固氮菌等能够产生多种活性物质（生长素、环己六醇、泛酸、吡哆醇、硫胺素等），固氮菌培养物中可检测到吲哚-3-乙酸；荧光假单孢菌的所有菌株均能产生赤霉素和类赤霉素物质，部分菌株还能产生吲哚乙酸，少数菌株能合成生物素和泛酸；丛枝菌根能诱导牧草植株产生细胞分裂素（CTK），改变脱落酸（ABA）与赤霉素的比例。
改善作物品质
许多微生物肥料能改善作物品质。根瘤菌固定的氮素能输往籽粒，使得豆科作物籽粒蛋白质含量提高。此外，一些蔬菜施用某些微生物肥料之后，能增加其中的维生素含量，降低叶菜类作物中的硝酸盐含量，提高果菜类作物中的糖分含量等。
增强植物抗病（虫）和抗逆性
某些微生物肥料中的微生物能产牛抗乍素类物质。对病原微生物能产生直接的拮抗作用。抑制它们的生长繁殖。细黄放线菌能分泌产生“5406”，对棉花黄萎病、枯萎病等有一定防治效果。此外，有益微生物在作物根部定殖之后，大量生长、繁殖的结果形成了作物根际的优势菌群，通过对养分资源和生存空间的占用，对致病微生物产生竞争优势，从而抑制这些有害微生物的生长和繁殖，间接地增强了植物的抗病能力。
减少化肥的使用量、提高肥料利用率
使用微生物肥料后可以减少化肥的施用餐。由于微生物肥料可以提高土壤的养分含量，因此在相同地力水平的土壤上可以减少化肥的用量，并且获得等效的增产效果。微生物肥料在提高肥料利用率方面有明显作用，根据作物种类、土壤类型和气候条件，微生物肥料与化肥的合理配合，既能增加作物产量，又能提高肥料利用率，这不仅有经济上的意义，而且有生态学和环境保护的意义。微生物肥料的施用条件
与其他肥料一样，正确的施用微生物肥料才能发挥其肥效。微生物肥料的有效使用条件包括：
1、禁忌与化肥、农药、杀虫剂等的合用、混用。
2、与所使用地区的土壤、环境条件相适宜。微生物菌肥在土壤持水量30%以上、土温度在10～40℃、pH在5.5～8.5的土壤条件下均可施用。但是，不同微生物具不同的生态适应能力，因而微生物肥料在推广使用前，要进行科学的田间试验，以确定其肥效。
3、对温度、水分有一定要求。避免在高温干旱条件使用。在高温干旱条件下，生存和繁殖就会受到影响，不能发挥良好的作用。应选择阴天或晴天的傍晚使用这类肥料，并结合盖土、盖粪、浇水等措施，避免微生肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。此外，如根瘤菌、菌根菌肥料等对宿主有很强的专一性，使用时应予考虑。
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