在实际的农业生产中，常把“微生物制剂”也统称为微生物肥料，在农业农村部统一登记备案。这类主要是指：微生物肥料养分供应功能较少，但却有其他功效，如刺激植物生长或拮抗某些病原微生物的致病作用，降解有害污染物等，这类目前也被归为微生物肥料进行登记管理。
微生物肥料，按照所添加微生物的种类不同，可以分为：
1、类肥料：固氮肥、溶磷肥料、解钾肥料，如芽孢杆菌、假单胞菌等
2、放线菌类肥料：如抗生菌肥；
3、类肥料：包括外生菌根菌剂和内生菌根菌剂，如丛枝菌根、菌根菌剂、兰科菌根菌剂；
4、藻类肥料：如固氮蓝藻菌；
5、两种以上微生物按一定比例组合形成的复合型微生物肥料。
目前在农村农村部登记管理上，现有9个菌剂类品种和2个菌肥类品种
菌剂类
根瘤菌剂、固氮菌剂、溶磷菌剂、硅酸盐菌剂、菌根菌剂、光合菌剂、有机物料腐熟剂、复合菌剂和土壤修复菌剂。
菌肥类品种
复合生物肥料和生物有机肥料
微生物肥料发挥作用，重点在于其添加的微生物发挥作用，所以需要创造适宜微生物繁殖环境，才能提高微生物肥料的利用率，在使用微生物肥料时，要注意以下几点：
1、温度：一般以18℃~25℃适宜，个别菌种可到40℃以下，此时微生物生命活动较为活跃，15℃以下时活性开始降低，10℃以下时活力微弱。
2、湿度：类微生物适宜在潮湿环境生长，一般含水量30%以上，但应避免高温干旱、阳光直射、水分过大（特别是好氧型）。
3、有机质环境：微生物生长繁殖、活动都需要食物，也就是说要搭配有机肥或土壤种要有足够的有机质；
4、作用时间：微生物繁殖，从适应环境 萌发 繁殖需要一定的过程，一般10-15天开始产生作用。
5、混用：微生物肥料，含有微生物活体，应避免与杀菌剂、杀虫剂等混用。
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