菌肥有广谱性。经试用证明，菌肥可诱导作物产生多种抗性物质，对由病毒、、等引起的病害的防治皆有效。尤其是对病毒病的防治，过去往往是植保的难题，而用菌肥效果却十分理想。经过高科技螯合发酵而成的瑞丰菌肥可防治立枯、猝倒、烂种、死棵、疫病、白粉病、白绢病、棉腐、枯黄萎、根腐、青枯、溃疡、线虫、黑茎、果腐等，减轻病虫害。在病毒病施用肥，以叶面、叶背喷雾、结合灌根，配合克胶王交替使用（鸡尾酒疗法疗程），可达到钝化-减轻-保护，并终控制的功效。（沤根、药害、病根、降解还青，在小苗期肥500倍，叶面、根部结合，可达到生根救苗的功效）
经常使用肥的作物较少发生虫害，在昆虫刚孵化成幼虫时用肥效果好，对各种蚜虫均有明显的触杀作用。（喷雾250-300倍）
瑞丰菌肥对线虫危害具有良好的防治效果（200-300倍灌根）。经过瑞丰菌肥土改、冲施菌肥，浸泡后打垄，盖膜或闷棚，对线虫防治效果显著。（试验点：扶沟县大新农户刘建宏）（广东农科院提供农户的丝瓜、芹菜根结线虫，施用效果良好）
菌肥可作为缓释剂，延长作用时间和减少用药量，还可在植物表面形成一层半透膜，阻止有害生物的入侵。因此，菌肥可作粮食、蔬菜作物等种子的处理剂，激发种子提前发芽，促进作物生长，提高抗病能力，从而提高作物产量。（可拌种、浸种、嫁接、育苗、抗不明土传病）
菌肥进入土壤后可以大大促使有益如固氮菌、纤维分解菌、乳酸菌、放线菌的增生；抑制有害如霉菌、丝状菌的生长。菌肥可降解转化成优质的有机肥料，供作物吸收利用，同时可有效的改善土壤团粒结构，有效改良土壤，改善作物的生存环境，是一种多功能的土壤改良剂。
菌肥喷雾在果树上，可在果实表面形成薄膜，对的侵害起阻隔作用，而且这层膜有良好的保湿作用和选择性透气作用，因此肥可以成为果蔬保鲜抗病的好原料。
菌肥诱导作物产生的多种抗性物质中，有些具有预防、减轻或修复逆境对植物细胞的伤害的作用，因此施用菌肥可提高作物的抗冻霜、抗高温、抗旱涝、抗盐碱、抗肥害、抗气害、抗营养失衡等抗逆性。
注：喷雾：依棚内、棚外、冬天、夏天、温度、气候等，浓度自行增减。
灌根（淋根）、滴灌、与化肥同施，化肥可酌情减量，效果更佳。