“夏季不闷棚，土传病害重”是农友们经验总结，由此也可以看出高温闷棚的重要性。
现今，棚室内经过近十个月的蔬菜生长，土壤已产生“疲劳”症状，土壤质地变差、透气性降低，蔬菜根系分泌的自毒物质增多，有害菌占主导地位，矿质营养元素利用率下降等连作障碍问题突出。但是经过20天以上的高温闷棚后，各种土壤“疲劳”症状会有所改善，其中土传病原菌受到了杀灭或抑制，因此，农民普遍认为闷棚后土壤变的“干净”了。
但是，很多农友反映，高温闷棚后，到了蔬菜中后期根部病害又上来了。
高温闷棚期间，棚内60℃以上的高温可以将土壤表层各种有害菌杀死或抑制。但是，土壤深层的有害菌仍然大量存在。高温闷棚后，表层土壤内的生物菌处于“空仓期”，此期，如果能在定植时补充一定数量的生物菌，通过有益菌的大量繁殖，在蔬菜根际周围建立优势菌群，通过以菌抑菌的作用，防止了有害菌的侵入，预防了根部病害发生。并且，有益菌产生的次生代谢产物会刺激根系发育，开花结果能力增强。
为了进一步发挥高温闷棚的后期作用，维护好蔬菜根际环境，培育壮棵，增施生物菌是很有必要。
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