复合肥肥效长，宜做基肥。大量试验表明，不论是二元还是三元复合均以基施为好。这是因为复合肥中含有氮、磷、钾等多种养分，作物前期尤其对磷、钾极为敏感，要求磷、钾肥要作基肥早施。控释复合肥在生产过程中采用了包衣、造粒等工艺，肥效缓慢平稳，比单质化肥分解慢，养分淋失少，利用率高，适合于作基肥。一般亩用量为30至40千克。复合肥不宜用于苗期肥和中后期肥，以防贪青徒长。
复合肥分解较慢，对播种时用复合肥做底肥的作物，应根据不同作物地需肥规律在追肥时及时补充氮肥，以满足作物营养需要。
复合肥浓度差异较大，应注意选择合适的浓度。目前多数复合肥是按照某一区域土壤类型平均养分善和大宗农作物需肥比例配置而成。市场上有高、中、低浓度系列复合肥，一般低浓度总养分在25%至30%之间，中浓度在30%至40%之间，高浓度在40%以上。要因地域、土壤、作物不同，选择使用经济、的复合肥。一般高浓度复合肥用在经济作物上，品质优、残渣少、利用率高。
复合肥浓度较高，要避免种子与肥料直接接触，会影响出苗甚至烧苗、烂根。播种时，种子要与穴施、条施复合肥相距5到10厘米左右，切忌直接与种子同穴施，造成肥害。
复合肥配比原料不同，应注意养分成分的使用范围。不同品牌、不同浓度复合肥所使用原料不同，生产上要根据土壤类型和作物种类选择使用。含硝酸根的复合肥，不要在叶菜类和水田里使用含铵离子的复合肥，不宜在盐碱地上施用；含氯化钾或氯离子的复合肥不要在忌氯作物或盐碱地上使用；含硫酸钾的复合肥，不宜在水田和酸性土壤中施用。否则，将降低肥效，甚至毒害作物。