微生物肥料是指一类含有活的微生物并在使用中能获得特定肥料效应能增加植物产量或提高品质的生物制剂。
长期以来，社会上对微生物肥料的看法存在一些误解和偏见：一种看法认为它肥效很高，把它当成万 能肥料，甚至扬言可以完全取代化肥；另一种看法则认为它根本不是肥料。其实这两种都是偏见。世界多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果，而且有化肥达不到的效果。
微生物肥料的功效主要是与营养元素的来源和有效性有关，或与作物吸收营养、水分和抗病有关，概括起来有以下几个方面：
1.培肥地力，这是微生物肥料的主要功效之一。
如各种自生、共生的固氮微生物，可以增加土壤中的氮素来源；多种解磷、解钾微生物的应用，可以将士壤中难溶的磷、钾分解出来，从而能为作物吸收利用。
微生物菌肥施入土壤后，能快速繁殖并能形成活力强大的益生菌群，从根本上改善了土壤及根系周边的生态结构，使得多年使用化肥板结的土壤疏松透气，吸收空气中的氮并形成“生态氮肥”，将多年沉积于土壤中的无效死磷死钾，让植物根系吸收。
2.增强抗逆性。
微生物肥料除了传统肥料的增产增收效果外，还可以减轻作物病害。
3.提高品质早熟高产。
微生物肥料能激发土壤中固定的钾、钙、锌等中微量营养元素。这些元素能供给作物微生物菌肥能产生植物类物质刺激作物生长。
许多用作微生物肥料的微生物还可产生植物类物质，能刺激和调节作物生长，使植物生长健壮，营养状况得到改善。一般可使经济作物增产30%以上，大田作物增产7~10%或以上。
科学家通过研究发现，微生物具有把氮气固定住的神奇功能，能把空气中的自由态氮转化成作物可吸收利用的有效态氮。
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