复合微生物肥料是指含一种以上有益微生物及其他营养物质的混合制剂。复合微生物肥料小有益菌种多，选择配制复合(复很）微生物肥料的主要原则是其中的各种微生物必须彼此无抑制作用，并B—在同一载体中不会互相争夺营养；微生物与营养物质复配时加入的营养物质数且及其对微生物的存活没有影响。日前主要有以下几种。
（1）微生物—微量元素复合肥料 微量元素是植物体内酶或辅助的组成成分，对高等植物叶绿素与蛋白质的合成、光合作用以及养分的吸收利用等具有促进和调节作用。将微生物藏微量元素混合制成肥料，不但为作物提供了必需的营养元素，其中的微生物还可以促进营养元素的吸收利转化。
（2）联合固氮苗复合生物肥料 出于植物的分泌物和根的脱落物可以作为能源物质，因氮微生物利用这些能源生活和固氮，因此称为联合固氮体系。我国科研人员将从水稻、玉米、小麦等禾本科植物根系中分离出的联合固氮制成微生物肥料，该肥料中的微生物具有固氮、解磷、土壤微生物和分泌植物等功能，促进作物生长发育，提高单位面积产量。
（3）两种或两种以上微生物复合肥料 这种生物肥料可以供给作物一定量的氮、磷和钾营养元素，将不同的菌种分别发酵，然后按比例复合制成茵剂，其应用效果优于单一菌肥。
（4）微生物与有机肥料复合 在长期应用微生物肥料的实践中，人们认识到，单独施用微生物肥料满足不了作物对营养元素的需要，生物肥料的增产效果是有限的；而长期大量使用化肥，会导致土壤板结，农产品品质下降。因此，微生物和有机肥复合能够强化其功效，成为人们关注的一种新型肥料。
（5）多菌株多营养复合肥料 这种生物肥料是利用微生物的各种协同关系，以廉价的农副产品或发酵工业的下脚料为原料，通过多种有益微生物混合发酵制成的微生物肥料。由于微牛物的种类多，可以产生多种酶、维生素及其他生理活性物质，直接或间接地促进作物的生长。