苗木挖起后，经选苗分级、检疫检验，除对有检疫对象和应检病虫的苗木，必须按国家植物检疫法令、植物枪疫双边协定和贸易合同条款等规定，进行、灭虫或销毁处理外，对其他苗木也应进行灭虫处理。
在生产上，常用的措施有以下几种。
(一)热水处理
这种方法能够除治各种有害生物，包括线虫、病菌以及一些期类和昆虫。进行热水处理时，所采用的温度与时间的组合必须既能杀死有害生物，又不能超出处理材料的耐受范围。当温度接近有害生物致死点与寄主受损开始点之间时，必须控制水温。在大部分情况下，还需留有使所有材料升至处理温度的时间，并确保每一植物材料内部达到所要求的温度。
(二)药剂浸渍或喷洒
常用的药剂可分为杀菌剂和杀虫剂。杀菌剂是一类对或具有抑制或杀灭作用的有毒物质。常见的药剂有石灰硫磺合剂、波尔多液、升汞溶液、代森锌、甲基硫菌灵、多茵灵等。例如，苗木或种子数量较少时，可用0．1%刀汞溶液浸泡20min，木洗1—2次，或用1：1：100波尔多液浸渍10—20加n，用清水冲洗根部。
杀虫剂的种类较多，包括无机杀虫剂如砷酸铅、硫磺制剂等，有机杀虫剂如除虫菊、石油乳剂、有机氯杀虫剂、有机磷杀虫剂等以及专门用来防治植食性瞒类的杀瞒剂。在使用时，根据除治对象进行选择。
(三)药剂熏蒸
药剂熏蒸是在密闭的条件下，利用熏蒸药剂汽化后的有毒气体杀灭种子、苗木等繁殖材料以及土壤、包装等非繁殖材料中的害虫的处理方法。由于施用费用较低，施法简便，而且能够杀灭处于任何发育阶段的害虫，因此是当前苗木为常用的方法。
药剂熏蒸的方式有常压熏蒸和减压(真空)熏蒸c常压熏蒸适用于除治苗木表面害虫压熏蒸用于除治植物内部取食的害虫，对某些娇嫩的植物材料不能采用真空熏蒸。
熏蒸剂的种类有很多，常用于苗木的有溴甲烷(MB)和氢氰酸(HcN)。药剂熏蒸是一项技术性很强的工作，使用的熏蒸剂对人体都有很强的毒性。工作人员必须认真理守操作规程，要特别注意，以免中毒事件的发生。