微生物菌剂具有直接或间接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用；应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生物、改善农产品品质及农业生态环境。
微生物菌剂的常见误区
误区1：靠速度评价产品好坏
微生物菌剂效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期，这一点是与化学肥料和植物调节剂的大区别，这也就出现了微生物肥料性不如化学肥料与植物调节剂的现象，所以不能拿化肥的速度和生物比。
误区2：种类混乱，概念分不清
菌肥是老百姓和部分经销商对微生物肥料的简称，是指目标微生物经工业化生产扩繁后与营养物质等复合而成的、含有该培养物活体的制品，它在单位面积上的用量较大，目前可分为复合微生物肥料、生物有机肥和农用微生物菌剂。
菌剂是指一种或一种以上的目标微生物经工业化生产扩繁后直接使用或仅与利于该培养物存活的载体吸附所形成的活体制品，它是菌肥大类的一种。
菌肥一般包装较大，25kg-50kg，亩用量较大，按照目前各地亩有机质含量在1.0%左右，一般复合微生物肥料和生物有机肥的每亩使用量超过200kg，而农用微生物菌剂在单位面积上的用量少，一般每亩用量0.1kg-5kg。
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