大家都知道，微生物菌肥的核心是有效功能活菌数，即“有工作能力”的“活体”菌种数量，而不是一般的含有多少菌数。
换句话说，菌肥有菌不一定是好肥，必须施入土壤中是活性的，例如市场上活性菌含量领先的是，含有六种活性菌的微生物菌肥，更容易发挥菌肥的作用。
一、菌肥保质有期限
大部分菌肥必须保存在低温（温度4℃～10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。
有的菌种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2℃～8℃的恒温箱内，这类菌肥的有效期通常只有一年。
芽孢杆菌肥的保质期与生产工艺水平高低有关，主要是看芽孢化水平，芽孢化水平高的能保存一年半甚至更久，芽孢化水平不高的达不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品及其保存环境。
即便是微生物菌肥所含菌种数量很高，因为菌种活性是有一定时间限制的，一般超过两年的生物菌肥要慎重选择。
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二、菌肥不要冲施
施用微生物菌肥的时候，基施可用方法有撒施、沟施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分以穴施效果更佳。
不建议冲施生物菌肥，这样效果不佳，但是可以灌根，主要针对液体生物菌肥。
三、避免导致菌种死亡
微生物菌肥施用过程中应避免阳光直射；蘸根时加水要适量，使根系完全吸附。
蘸根后要及时定植、覆土，且不可与农药、化肥混合施用，特别是现在很多菜农为防治根茎部病害，采用农药灌根，对防治真菌、细菌都有效，但对菌肥中的有益菌也有杀灭作用，所以建议使用菌肥后不要再用农药灌根。
四、创造菌种适繁环境
菌肥中的菌种只有经过大量繁殖，在土壤中形成规模后才能有效体现出菌肥的功能。
为了让菌种尽快繁殖，就要给其提供合适的环境。一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，有的细菌需要在pH7～8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加强微生物的活动。
微生物生长需要足够的水分，但水分过多又会造成通气不良，影响好气性微生物的活动，因此，必须注意及时排灌，以保持土壤中适量的水分。
微生物菌肥中的微生物大多是好气性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷细菌等。因此，施用菌肥必须配合改良土壤和合理耕作，使用菌种含量高的菌肥，例如20亿的，土壤疏松、通气良好。
五、菌肥必须投入充足有机肥
有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分，因此，施用微生物肥料时必须配合施用有机肥料，所以菜农在施用菌肥时应与粪肥等有机肥一起施用，不但可加快有机肥的腐熟速度，而且能促进菌群的形成，提供菌肥的肥效。
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