微生物是一切肉眼看不见或看不清的微小生物，个体微小，结构简单，通常要用光学显微镜和电子显微镜放大约1000倍才能看到，微生物千姿百态，它们为了自己的生存与繁衍在以自己特有的方式存在着。
可能你从没有看见过微生物，但是你可知道，牛奶是怎么变坏的？美酒是如何酿成的？吃下去的食物是如何消化吸收的？田里的秸秆残茬又是怎么变得面目全非，甚至不见踪影的？这些都是微生物的功劳。
土壤中微生物的种类较多，有细菌、真菌、放线菌、藻类和原生动物等。数量也很大，1克土壤中就有几亿到几百亿个。大部分土壤微生物对作物生长发育是有益的，它们对土壤的形成发育、物质循环和肥力演变等均有重大影响，当然也有那么些不被人喜欢的致病微生物。正是有了土壤微生物的默默耕耘，大地才会有春华秋实的生生不息。
首先：土壤微生物可以形成土壤结构。
土壤并不是单纯的土壤颗粒和化肥的简单结合，作为土壤的活跃组成分，土壤微生物在自己的生活过程中，通过代谢活动的氧气和二氧化碳的交换，以及分泌的有机酸等有助于土壤粒子形成大的团粒结构，终形成真正意义上的土壤。土壤微生物的区系组成、生物量及其生命活动对土壤的形成和发育有密切关系。
其次：土壤微生物显著的成效就是分解有机质。
比如作物的残根败叶和施入土壤中的有机肥料等，只有经过土壤微生物的作用，才能腐烂分解，释放出营养元素，供作物利用，并形成腐殖质，改善土壤的结构和耕性。
然后，土壤微生物还可以分解矿物质，土壤微生物的代谢产物能促进土壤中难溶性物质的溶解。
例如磷细菌能分解出磷矿石中的磷，钾细菌能分解出钾矿石中的钾，以利作物吸收利用，提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也离不开土壤微生物。
土壤微生物还有固氮、防病、促进生长的作用；
在植物根系周围生活的土壤微生物还可以调节植物生长，植物共生的微生物如根瘤菌、菌根和真菌等能为植物直接提供氮素、磷素和其他矿质元素的营养以及有机酸、氨基酸、维生素、生长素等各种有机营养，促进植物的生长。土壤微生物与植物根部营养有密切关系。
土壤中各种微生物之间有互惠互利的，也有相互敌对的。例如，土壤中存在一些抗生性微生物，他们能够分泌特殊物质，抑制病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中的病原微生物对作物的危害。
微生物还可以降解土壤中残留的有机农药、城市污物和工厂废弃物等。
微生物能把有机农药、城市污物和工厂废弃物等分解成低害甚至的物质，降低残毒危害。当然，这些所有的功能都是由不同种群的微生物完成的，每一个功能的实现也需要有大量的微生物共同工作才行。
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