近几年，农户普遍都重视了有机菌肥的施用，但农户普遍反映施用商品有机菌肥后效果不明显。这是怎么回事？
1、土壤菌肥不匹配
土壤有酸碱之分，有机菌肥也有pH值，菌又有、之分。中性和微酸性土壤宜施性有机菌肥。碱性土壤宜施丝状微生物的藻类有机菌肥，施用后能固定空气中的氮，帮助果树利用其他状态存在的氮素养分。
其实土壤中微生物也很多，数量也很大，大部分微生物对作物的生长发育、土壤的团粒结构、物质循环都有很大影响。还能分解有机质和矿物质，释放出营养元素供作物吸收利用。
酸性土壤施了碱性有机菌肥，酸碱中和降低了肥效，也使菌种受到伤害。有些菌是需氧性很强的菌种，如放线菌、霉菌类等施在板结透气性差的土壤中，别说发酵繁殖，菌种本身都难以成活。
2、土壤不利于微生物存活
果园多年不施有机肥和浅施无机肥，造成土壤板结，存氧量差，根系生长缓慢。土壤pH值发生变化。除草剂在土壤中的残留直接破坏了土壤的团粒结构使土壤中的微生物死亡。
果园施用有机菌肥后土壤中没有足够的微生物使菌肥发酵繁衍而形成有效的菌群，阻碍了肥效的发挥。
果园要正确选择除草剂，既要能除草，又在土壤中残留时间短，对土壤中微生物和土壤团粒结构没有太大的破坏。重视有机肥的施用，改良土壤得3～5年。
3、施用温度和方法不对
首先地温要在5～35℃内施用，低于5℃菌种不能发酵繁殖，高于35℃菌种会被烧死。有机菌肥好单独施用，不要和大化肥（氮、磷、钾）混合施用。
果农为图方便常和大化肥一起施用，在两棵树中间挖20厘米深、宽25厘米的沟，先把菌肥撒入沟内，再撒大化肥后填土，这和混施没有区别，大化肥杀死了菌种。
正确的施肥方法应采取放射性沟施，挖30厘米宽、25～35厘米深的沟，先施入大化肥，填一层10厘米左右的土，再施菌肥。这层隔离带减少了大化肥水溶下渗后杀死菌种的机会。
4、土壤中有机物不足
施用有机菌肥的关键要不断培养土壤中的微生物。土壤中有足够的有机物或腐殖质时才能被微生物菌利用，进而使土壤微生物快速繁衍，营养元素。
实行果园生草制。草长到15厘米不到20厘米时割刈，一年反复进行覆盖地面，两年全园普翻一次以利提高果园腐殖质的含量。3～5年施一次发酵好的牛、猪、羊、鸡兔等家畜禽粪。为有机菌肥中菌种的发酵繁殖提供充足的基质。为果树在生长中提供中、微量元素，减少小叶、黄叶等生理病害的发生。
微生物菌在土壤中作用主要是产生各种酶，分解各种养分，产生各种酸和二氧化碳，给作物提供更多养分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足够的有机质才行。
所以要提高土壤肥力，主要是补充土壤中有机质，其次补充生物酶，以菌的存活；菌生酶，酶促菌，用工业生产的方式代替微生物菌生产酶，来促进作物对养分吸收消化。含酶有机肥能真正降低土壤盐渍化，为微生物菌生存繁殖创造条件，进而形成土壤良性循环。
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