微生物菌剂是指目标微生物（有效菌）经过工业化生产扩繁后，利用多孔的物质作为吸附剂（如草炭、蛭石），吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂。这种菌剂用于拌种或蘸根，具有直接或间接改良土壤、恢复地力、预防土传病害、维持根际微生物区系平衡和降解有毒害物质等作用。农用微生物菌剂恰当使用可以提高农产品产量、改善农产品品质、减少化肥用量、降低成本、改良土壤、保护生态环境。
微生物菌剂的作用
1、提高作物产量
有效菌可以分泌赤霉素、细胞分裂素、生长素等物质，可以刺激、调节、促进作物的生长发育，利于作物增产。
2、改善作物品质
分解、释放多种中微量元素，可以使作物更好的吸收，提高作物体内蛋白质、氨基酸、糖分等含量。
3、增强作物抗逆性
有效菌活性高，可以分泌多种抑菌物质、类物质和多种活性酶的功能，例如含有六种活性菌的微生物菌剂，可以活化土壤，降低病害发生的概率，增强作物抗旱、耐寒、抗倒伏及抗盐碱能力等，还可以有效预防作物生理性病害的发生。
4、提高化肥利用率
有效菌可以分解土壤中的有机质，并且生成腐殖酸可与土壤中的氮形成腐殖酸铵，减少氮肥流失。
微生物菌剂还具有很好的解磷、解钾的作用，可以将土壤中无效态的磷、钾转化为有效态的磷钾。
5、改善土壤环境
有效菌可以促进土壤中难溶性养分的溶解和释放，提高土壤养分供应能力；分泌的胞外多糖可以增强土壤的团粒结构，疏松土壤，提高土壤通透性和保水保肥能力，增加土壤有机质的含量，改善土壤养分供应状况。
此外，土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它们能够分泌，抑制病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中土传微生物对作物的危害，提高作物品质和产量。
微生物是土壤的重要组成部分并且是土壤生态系统的灵魂和中心，必将在土壤健康的恢复中发挥重要作用。
如何正确使用微生物菌剂？
一是注意杀菌剂的使用时间。菜农长期不合理施肥后，土壤问题日益加重，蔬菜根系病害多发，预防、根部病害的次数增多，其中会包含杀菌剂，而这些杀菌剂对有益微生物同样也会起到杀灭作用。所以，在灌根、冲施杀菌剂后，不能混合或者紧接着使用微生物菌剂，否则一点效果也没有。当然，使用杀菌剂后，土壤中微生物包括有益的和有害的数量都会急剧减少，那么，在杀菌剂有效期约7天后，再冲施微生物菌剂，有益微生物能迅速占位，并发挥作用。菜农可根据土壤中微生物菌群的实际情况，合理安排杀菌剂和微生物菌剂的使用时间，确保土壤中有益微生物菌群占主导地位。
二是注意配合使用供给微生物营养的产品。微生物菌剂施入土壤中，在适宜的条件下激活后，需要吸取养分迅速繁殖，而产品自身携带养分量有限，若菜农在使用微生物菌剂时，配合使用甲壳素、海藻酸、氨基酸等产品，可以为补充的有益微生物提供养分。当然，若土壤中有机质含量丰富的话，使用微生物菌剂后，也能得到充足的营养供给。
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