生物菌肥是汲取传统有机肥料之精华，结合现代生物技术，加工而成的高科技产品。生物菌肥的性能优势主要表现在以下几个方面：
1.无污染、无公害。是天然有机物质与生物技术的有效组合。它所包含的菌剂，具有加速有机物质分解作用，为作物制造或转化养分提供“动力”.同时菌剂兼具有提高化肥利用率和活化土壤中潜在养分的作用。
2.配方科学、养分齐全。一般是以有机物质为主体，配合少量的化学肥料，按照农作物的需肥规律和肥料特性进行科学配比，与生物“活化剂”完美组合，除含有氮、磷、钾大量营养元素和钙、镁、硫、铁、硼、锌、硒、钼等中微量元素外，还含有大量有机物质、腐殖酸类物质和保肥增效剂，养分齐全，速缓相济，供肥均衡，肥效持久。
3.活化土壤、增加肥效。具有协助释放土壤中潜在养分的功效。对土壤中氮的转化率达到5-13.6%;对土壤中磷、钾的转化率可达到7-15.7%和8-16.6%.
4.低成本、高产出。在生育期较短的第三、四积温带，可替代化肥进行一次性施肥，降低生产成本。
5.提高产品品质、降低有害积累。由于肥中的活化剂和保肥增效剂的双重作用，可促进农作物中硝酸盐的转化，减少农产品硝酸盐的积累。
6.有效提高耕地肥力、改善土壤供肥环境。肥中的活化菌所溢出的孢外多糖是土壤团粒结构的粘合剂，能够疏松土壤，增强土壤团粒结构，提高保水保肥能力，增加土壤有机质，活化土壤中的潜在养分。
7.抑制土传病害。能促进作物根际有益。微生物的增殖，改善作物根际生态环境。有益微生物和抗病因子的增加，还可明显地降低土传病害的侵染，降低重茬作物的病情指数，连年施用可大大缓解连作障碍。