西瓜苗期主要病害有立枯病、猝倒病、叶部病害（如蔓枯病、炭疽病和性叶斑病等病害）。
防治立枯病、猝倒病，用青枯立克喷淋，也可提前浸种；防叶部病害，可用靓果安+嘧菌酯、苯醚甲环唑或农用链霉素喷雾使用。
苗期一般用药较少，要良好的用药习惯，一旦发生药害，应及时选用芸苔素类物质混加点氨基酸或者腐植酸类或者海藻酸类物质，缓解药害。
此外，当前育苗大多数采用小育苗棚，在排湿上，可采取在棚内行间铺上稻壳，后墙边放上玉米秸秆等，不仅可以增强棚室的保温性，还可以调控棚内的湿度。在夜间或天气不好无法通风造成棚内湿度过大时，秸秆可以吸收空气中过多的水汽，减少空气湿度和棚膜结露，从而减少病害侵染、传播的可能。到了晴朗的白天，秸秆又会将吸收的水汽蒸发出来而变干，重新发挥作用。