随着土壤酸化和板结问题日趋严重，微生物被受到普遍关注，各种各样的微生物肥料也被广泛应用。那么，微生物肥料在土壤中究竟起到什么作用呢？有关专家认为，微生物肥料在土壤中主要有五个重要身份。
微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，可以改善土壤团粒结构，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成。
微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节。它能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性。
微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机农药和其他污染物等，在其理化反应中对上述污染物质进行分解、转化、固定、转移，把他们分解成低害甚至的物质，从而降低土壤污染的程度。
土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它们能够分泌，抑制病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中土传病害微生物对作物的危害，提高作物产量和品质。对土壤进行“”和“保健”，调控和维护土壤的健康质量。
微生物肥料具有解磷、解钾、固氮的作用，促进土壤中微量元素的释放及螯合，可提高肥料利用率10％～30％。在一定的条件下，还能参与腐殖质形成，有利于提高土壤肥力。
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