与人一样，土壤要想保持健康状态，也需要良好的呼吸，即土壤中的气体交换。一旦气体交换受阻，虽然看不出土壤有什么变化，但是依赖土壤生存的植物、有益微生物、有益动物都会受到严重影响。土壤喘不动气了，植物根系不能呼吸，叶片表现黄化；在厌氧状态下有益微生物活动缓慢，分解产生较多的有害物质；有益动物例如蚯蚓等大量减少。
在蔬菜栽培过程中，菜农的许多做法都会影响土壤气体的交换，怎么样来改善这些不恰当的管理方式，是需要菜农认真考虑的一个问题。
1、翻地过于精细
在定植之前进行翻地施肥，可打破犁底层，疏松土壤。而随着机械化程度提高，不少菜农过度依赖机械翻耕，并且有的菜农使用旋耕机翻耕多次，经过翻耕的土壤虽然看上去松软，但由于把大量的多孔结构的构造打破，使大量细小颗粒分散在土壤中，浇水之后这些颗粒随水沉积，更容易形成犁底层。而且由于一些较大的团粒结构被破坏，土壤的气体交换能力变得更差，更加不利于根系的生长。
2、生土施肥过少
新建棚室由于把结构好、肥力高的土壤用于筑墙，用于栽培的土壤换成了生土，生土团粒结构极少，耕性差，继续依靠增施有机肥来快速熟化土壤，以提高土壤的气体交换能力。而如果新建棚室施肥量过少，特别是有机肥用量不足时，土壤结构得不到大的改善，气体的交换能力自然也不强，所以新建棚室生土栽培蔬菜更容易出现根系生长不良引起的生理性问题。
3、不注重划锄
一些有机质含量少的棚室土壤，容易出现板结的情况，特别是用于浇水的种植行，当植株封垄以后，在光照弱、氮素高时，会在地表出现大量的青苔，青苔生长不仅需要氧气，它们布满地面以后阻断了土壤气体的交换。而划锄就是打破板结，减少青苔产生，提高土壤气体交换效果的重要措施。特别是对于比较黏重的土壤来说，勤划锄可以快速恢复植株长势。
4、全地膜覆盖
地膜全棚覆盖是一个老话题，我们不提倡地膜全棚贴地覆盖就是因为它对土壤气体交换影响。在高温季节，地膜全棚贴地覆盖会造成土温过高，加上透气不良严重影响蔬菜根系生长，如8月份左右拱棚种植长茄，若采取这样的覆盖措施，多发生长势弱、叶片黄的不良情况。在冬季低温季节，全棚覆盖地膜虽然有较好的保温降湿效果，但根系生长需要的氧气量不足，同时土壤微生物分解产生的二氧化碳也不能及时排到空气中，大量的二氧化碳存在于土壤中，不仅根系生长受抑制，也造成了碳源的浪费。
5、犁底层高且浇水勤
土壤犁底层是由大量黏粒组成的不透水不透气的一种对蔬菜生长不利的土壤结构，在透水透气的沙性土中我们希望有犁底层的存在，而在壤性及粘性的土壤中犁底层却不利于根系生长。尤其是犁底层过高、过厚的情况下，菜农浇水过大、过频，水分被犁底层阻挡以后不能及时排走，大量的气体被水分挤出，从而影响到土壤中各种动植物、微生物的生存。