随着我国有机肥料不断进步，现已进入了微生物菌肥料的阶段，微生物肥料不仅提供有机质、氮磷钾还有丰富的有益菌种。因为这些有益微生物在土壤中迅速繁殖，挤占有害菌的生存空间，同时有益微生物能够分泌一些促进植物生长的物质，所以各种各样的微生物肥料也被广泛应用。那么，微生物肥料在土壤中究竟起到什么作用呢？有关专家认为，微生物肥料在土壤中主要有五个重要作用。
1、土壤的造就师
微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，与植物粘液、矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成。
2、土壤的养分转换师
微生物在土壤物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节。它能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性。
3、土壤的清洁师
微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机农药、重金属和其他污染物等，在其理化反应中对上述污染物质进行分解、转化、固定、转移以及新的化合成，把他们分解成低害甚至的物质，从而降低土壤污染的程度。
4、土壤的师
土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它们能够分泌，抑制病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中土传病害微生物对作物的危害，提高作物产量和品质。对土壤进行“”和“保健”，调控和维护土壤的健康质量。
5、土壤的营养师
微生物肥料具有解磷、解钾、固氮的作用，促进土壤中微量元素的释放及螯合，可提高肥料利用率10％～30％左右。在一定的条件下，还能参与腐殖质形成，有利于提高土壤肥力。
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