工业化、现代化的发展进程中，经济快速发展，引起了一系列的环境问题。土壤重金属污染是其中一个尤为突出的方面。大量的镉、砷、铬、铅等重金属沉积在土壤中，导致土壤受到严重污染。同时，农业生产过程中不合理地使用化肥和有机肥，包括过量的化肥造成盐渍化以及重金属含量过高；有机肥和化肥施用的比列失衡造成土壤团粒结构的破坏和土壤微生物环境的改变。
什么是菌肥
菌肥，顾名思义就是菌+肥，菌就是各种有益微生物，肥可以是有机肥，也可以是氮、磷、钾、中微量元素等无机肥料。
这里需要注意，生物防治作用的菌剂（淡紫拟青霉、苏云金芽孢杆菌等），不属于肥料。
其他分解土壤农药、重金属、调节酸碱度的生物修复菌剂、加速有机物腐熟的腐熟剂，不属于肥料的功能，不做延伸。
菌肥主要作用是什么
1、促进快速生长
菌肥中的微生物在土壤内的生命活动过程中，会产生大量的赤霉素和细胞类等物质，这些物质在与植物根系接触后，能调节作物的新陈代谢，刺激作物的生长，从而使作物产生增产效果。
2、调节生命活动，增产增收
菌群中的胶冻样芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等有益菌可促进作物根系生长，须根增多。有益微生物菌群代谢产生的植物内源酶和植物生长调节剂经由根系进入植物体内，促进叶片光合作用，调节营养元素往果实流动，膨果增产效果明显。
3、提高果实品质
菌群中的侧孢芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等可降低植物体内硝酸盐含量20%以上，能降低重金属含量，可使果实中Vc含量提高30%以上，可溶性糖提高2~4度。乳酸菌、嗜酸乳杆菌、凝结芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等可提高果实中必需氨基酸（赖氨酸和蛋氨酸）、维生素B族和不饱和脂肪酸等的含量。果实口感好，耐储藏，卖价高。
4、分解有机物质和毒素，防止重茬
菌群中的米曲菌、地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等有益微生物能加速有机物质的分解，为作物制造养分、提供动力，能分解连作有毒有害物质，防止重茬。
5、增强抗逆性
菌肥中的微生物在植物根部大量生长、繁殖，从而形成优势菌群，优势菌群形成局部优势，这样就能抑制和减少病原菌的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效。
菌群中的地衣芽孢杆菌、芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌等有益微生物可增强土壤缓冲能力，保水保湿，增强作物抗旱、抗寒、抗涝能力；同时侧孢芽孢杆菌还可强化叶片保护膜，抵抗病原菌侵染，抗病，抗虫。
6、根际环境保护屏障
菌群中的地衣芽孢杆菌等有益微生物施入土壤后，迅速繁殖成为优势菌群，控制根际营养和资源，使重茬、根腐、立枯、流胶、灰霉等病原菌丧失生存空间和条件。使植物根系细胞的细胞壁增厚，纤维化、木质化，并生成角质双硅层，形成阻止病原菌侵袭的坚固屏障。
7、松土保肥、改善环境
丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。
8、刺激有机质释放营养
菌群中的芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌等有益微生物在代谢过程中产生大量的植物内源酶，可明显提高作物对氮、磷、钾等营养元素的吸收率。大量的有机质通过有益微生物活动后，可不断释放出植物生长所需的营养元素，达到肥效持久的目的。
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