菌肥是微生物肥料的俗称，它是一种带活菌体的辅助性肥料。
土壤中存在着大量的微生物（包括、、放线菌），一般每克土含有几亿至几十亿个微生物。
有些对作物生长发育有益，有些则有害。
人们用科学的方法从土壤中分离、选育有益微生物，经过培养、繁殖、制成菌剂，将这些菌剂应用于农业，使作物增产，称为菌肥，又叫做微生物肥料。
目前我国生产和应用的菌肥主要有根瘤菌、固氮菌、磷、钾、抗生菌肥料等。
菌肥是通过有益微生物的生命活动，拮抗有害微生物，促进土壤中养分的转化，提高土壤养分的有效性，改善作物营养条件，增加土壤肥力。
施用菌肥有菌液叶面喷施、菌液种子喷施、拌种和固体菌剂与种子拌和作为菌肥等。
菌肥怎么起作用？
菌肥的主要作用，是由活菌决定的。
（活菌通过自己的活动，分解土壤里的营养物质变成植物可以吸收的养分，分泌一些对植物生长有用的物质，也有有效菌死去之后留下的物质。）
具体每一种活性菌有自己主要的作用，不是一种活性菌具备以下所有的作用。
一、对土壤的作用：
增加营养元素的有效含量、减少化肥施用，增加有机肥功效。
二、对植物的作用：
帮助植物吸收营养、刺激植物生长，增加植物抗逆性、让植物长得更好。
三、对有害生物的作用：
防治有害生物，增加抗病性。
1.对土壤的作用
植物无机态的营养就是一些离子，化肥溶于水由分子态变成离子态，植物好吸收，因为它带电荷，利于植物吸附。有机态的营养是好多原子在一起组成的大分子，不太容易被吸收，菌肥的作用是把有机态的氮磷钾变成无机态的，利于植物吸收。
增加氮元素的菌有三种，就是把空气中的氮元素合成植物能吸收的那种。
1，根瘤菌2自生固氮菌3联合固氮菌
（1）根瘤菌，侵入到植物的根里，在根部安营扎寨，帮助植物固氮，但是同时也需要植物提供一些营养，让自己活着。
这些菌一般豆科植物上比较多，专一性比较强，也就是比较认植物，比如大豆根瘤菌只认大豆，花生根瘤菌只认花生。
（如果有个农户想在没有种过大豆的地里种大豆，如果你推荐花生根瘤菌给他是没有什么功效的。）
含有根瘤菌的菌剂可以登记为根瘤菌菌剂，如果是含有下面这两种，一般会登记为固氮菌菌剂。
（2）自生固氮菌，还有一种在土壤中活着，不需要植物提供营养，自己养自己的自生固氮菌，它们产生的含氮的这种营养需要等他们死掉之后才会释放出来。所以这种菌要提前施，可能15-20天，才能看到功效。
（3）自生固氮菌，还有一种是介于两者之间的，它只在根表或皮层内生活，但是不需要植物提供营养，也可以在土壤中存活，但是活性比较低。联合固氮菌，它喜欢禾本科（水稻、甘蔗、高粱）植物在一起。
菌肥跟有机肥比较像，需要1-2年连续用功效才会好。
自生固氮菌、联合固氮菌，混合在一起做成固氮菌菌剂，可以用在禾本科和其他作物上，也可以用在果树上。
2，能增加有效磷含量的是磷。
一般认为这些可以通过分泌酸和酶，把难溶性的磷元素（无机磷化合物）变成可溶性的，把有机态的磷变成无机态的。
3，能增加有效钾含量的是钾，也叫硅酸盐。
一般认为这些可以通过分泌酸，溶解硅铝酸盐类矿物，释放钾素营养，这些营养能供给植物也能给自己用，当死后，体内富含的钾会释放出来，产生的、氨基酸会促进植物生长，抑制其他病原菌生长。
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