目前含菌的肥料主要分为
微生物菌剂，复合微生物肥料和生物有机肥。
本文重点讲含菌肥料对土壤改良的好处：
盐碱地的共性是有机质含量低，土壤理化性状差，对作物生长有害的阴、阳离子多，土壤肥力低，作物不易促苗。
施用含菌肥料能提高土壤肥力，改善土壤结构，减少毛细管水运动的速度和水分的无效蒸发，有明显的抑制返盐效果。
还能增加土壤有效钙的含量，同时微生物分解有机质产生的有机酸也能使土壤吸附的钙活化，加强了对土壤吸附性钠的置换作用，导致脱盐脱碱。在微生物肥料及生物有机肥的作用下，盐碱地的有害离子含量和pH值明显降低，土壤缓冲性能增加，提高了作物的耐盐碱性。
盐碱地不易发苗，施肥总的原则是增施生物有机肥，适当控制化肥施用。基肥要多施有机质含量高的生物有机肥，减少化肥施用量，而化肥尽量不靠近种子，以免增加土壤溶液浓度，影响发芽。追肥根据情况，及时施入，避免过量。在有条件的地方，可以大量采用秸秆还田，种植耐盐碱的绿肥等办法，减少盐碱对作物的危害。
粘土地施用含菌肥料的好处
粘土地一般含有机、无机胶体多，土壤保肥能力强，养分不易流失。但粘土供肥慢，施肥后也慢，这种土壤“发老苗不发小苗”，肥效缓而长，土壤紧实，通透性差，作物发根困难。这种土壤施用复合微生物肥料和生物有机肥，通过丰富的有机质和有益微生物的活动，改善土壤团粒结构，增加通透性，提高保肥保水能力。
粘土保肥能力强，化肥应与复合微生物肥料和生物有机肥配合施用。单独施用化肥，若一次多施尤其是多施氮肥，因养分不易流失，后期肥效充分发挥出来，容易引起作物贪青晚熟，导致病虫害发生和减产。
砂土地也能用含菌的肥料：
砂土地一般有机质、养分含量少，肥力较低，保肥能力差。但砂土供肥好，施肥后快，这种土壤“发小苗不发老苗”，肥效猛而短，没有后劲。
砂土地要大量增施生物有机肥，提高土壤有机质含量，改善保肥能力。由于砂土通气状况好，土性暖，有机质容易分解，施用未完全腐熟的有机肥料或牛粪等冷性肥料受影响比粘土地要小。有条件的地区可种植耐瘠薄的绿肥，以改良土壤理化性状。
砂土地施用化肥，一次量不能过多，否则容易引起“烧苗”或造成养分大量流失。所以砂土地施用化肥，必须与含菌类肥料和其他有机肥配合施用，而且要多次少量施用，即“少吃多餐”，以提高肥效，减少养分损失。
含菌肥料中的有益微生物是这样起作用的：
微生物进入土壤后，在生长繁殖过程中产生大量的次生代谢产物，这些产物能够促进土壤团粒结构的形成。
团粒结构的形成使土壤变得疏松、绵软，保水保肥性能增强，水、气、热更加协调，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发展，为农作物提供舒适的生长环境。
土壤理化性状的改善，加强了土壤有益微生物的活动，从而限度促使有机物分解转化，产生多种营养物质和刺激性物质，反过来又刺激微生物的生长发育，促进作物生长，终达到增产增收的目的。
另外，功能性微生物在作物根系周围形成优势种群，抑制或拮抗有害病原菌的生长繁殖，减轻了作物发生病害的程度，进而起到增加产量的目的。