在施肥时，如果单独使用化肥或有机肥或生物菌肥，都不能使蔬菜长时间保持良好的生长状态，这是因为他们都有各自的短处：化学肥料养分集中，施入后快，但是长期大量使用会造成土壤板结、盐渍化等问题；有机肥养分全，可增加团粒结构的形成，培肥土壤，但养分含量少，释放慢，到了蔬菜生长后期不能供应足够的养分；生物菌肥可活化土壤中被固定的营养元素，刺激根系的生长和吸收，但它不含有任何营养元素，也不能长时间供应蔬菜的营养。
了解了他们的短处，可以得出这样的结论：化肥与有机肥、生物菌肥配合施用效果要好于单独施用。但要想达到的施肥效果，配合施用时就应注意以下几个问题。
首先，注意施用时间。
有机肥慢，应提早施用，一般在播前或定植之前一次性底施，使用之前进行腐熟，后期追施效果就不如作底肥明显；而化肥快，作基肥时提前一周左右施入，追肥时应在作物营养临界期或吸收营养高峰期前施入，以满足其所需；生物菌肥在土壤中经大量繁殖后才能发挥以菌抑菌的作用，故要在定植蔬菜前提早施入，使其有繁殖壮大的时间，可随有机肥一起施入土壤，也可在定植之前或定植时穴施。
其次，注意施用方法。
有机肥主要作用是改良土壤，同时提供养分，一般作为基肥施入土壤，所以要结合深耕，使土壤与有机肥完全混匀，以达到改善土壤的目的。基肥中，因有机肥中的养分以氮为主，与有机肥搭配的氮肥可少施，可用30%作底肥，70%作追肥。磷肥和钾肥可作底肥一次性施入，磷肥因移动性差，后期追施效果很差，所以磷肥应作底肥施入土壤。追施的化肥用全溶性肥为主，如芳润等，这样的肥料分解后可被蔬菜迅速吸收，对土壤影响较小。生物菌肥因其用量少可集中施在定植穴内或随有机肥底施。后期可多次追施同一种生物菌肥，以壮大菌群，以提高解磷解钾能力和防病效果。
再次，注意施用数量。
不同的蔬菜不同生育期，所需肥量不同，不能多施也不能少施。蔬菜对肥料的吸收是有一定比例的，如西红柿所需要的氮、磷、钾比为1∶0.23∶1.52，茄子1：0.23：1.7，辣椒1∶0.25∶1.31，黄瓜1：0.3：1.5等等。所以应根据蔬菜的不同需肥比例进行施肥。但是因土壤中已含有一些营养元素，所以进行一次测土，按测土配方施肥建议进行。
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