生物菌肥是指含有特定微生物活体的生物肥料，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质
不同的生物菌肥有不同的功效，因为里面所含的菌，也就是微生物不一样。
秸秆源高品质微生物菌肥里含有枯草牙孢杆菌，地衣芽孢杆菌，解淀粉芽孢杆菌，等不少有益菌。
秸秆源作用相当的：
1（对植株本身）增强植物生物防控能力，提高抗病（虫）害、抗旱、耐劳、抗寒防冻的能力。大量有益菌分泌植物促生物质和，抑制病原微生物生长，提高对土传病的生物防控作用，提高抗重茬、枯萎、黄萎、根腐、根结线虫等病害的能力，使植物健壮、旺盛。
2（对土壤）改良土壤，增加土壤肥力。通过大量有益微生物活动，促使土壤形成团粒结构，增加通透性，减轻土壤板结；提高保肥、保水能力；增强水、肥、气、热、菌五个肥力因素相互协调。
3（对植物根系）生根，养根、壮根。有益菌分泌物质刺激根系迅速生长，对根系有修复和再生的功能，减少沤根，烂根，促进根系发达，使植株健壮，叶片肥厚，叶色浓绿，花色鲜艳，提高植物成活率。
4（提高肥料土壤利用率）特别的添加黄腐酸，制造和协调农作物吸收营养。多功能菌肥把土壤中植物不可溶的磷钾钙镁锌等释放游离出来供植物吸收，相当于在植物根系建立了微肥厂。黄腐酸的作用极大提高了肥料利用率。
5（调节土壤、无公害）降解硝酸盐和农药残留，修复土壤，提高农产品品质。微生物的生命活动降低硝酸盐及农药残留，调节pH值，增加氨基酸、糖分、维生素等含量，使瓜果菜色鲜味美，品质优良。
这些都是秸秆源高品质菌肥的作用。
使用微生物菌剂的好处：
1.大大减少农药使用量。通过有氧及厌氧发酵，发酵堆产生高温，可杀死有害菌以及有害虫和卵。
2.保护土地肥力。分解有机肥，氨基酸、维生素、素等成分含量高，可显著提高土壤氮素、有效磷及钾等，肥料质量好。
3.改善土壤。有效改善土壤团粒结构，缓解土壤板结。
4.防虫害。施肥后可抑制土壤中多种病虫害发生，防烧根。
减少农药使用量、保护土地肥力、改善土壤结构等秸秆源高品质微生物菌肥从根本上解决了土地问题。