菌肥肥料中一般都含EM菌，被称为有效微生物菌群，是由功能各异的多种微生物组成的一种活菌制剂，对土壤恶化、连作障碍、作物的抗病抗逆能力、产量和品质等有着积极的作用。
EM菌的菌类成分及主要功能
EM菌是由光合菌群、乳酸菌群、酵母菌群、放线菌群、丝状菌群等10属80余种微生物组成的生物制剂。
光合菌群
①以土壤接受的光和热为能源，将土壤中硫氢和碳氢化合物中的氢分离出来，变有害物质为物质。
②以植物根部的分泌物、土壤中的有机物、有害气体（硫化氢等）及二氧化碳、氮等为基质，合成糖类、氨基酸类、维生素类、氮素化合物、抗病毒物质和生理活性物质等，是肥沃土壤和促进动植物生长的主要力量。
③光合菌群的代谢物质可以被植物直接吸收，还可以成为其他有益微生物繁殖的养分。
乳酸菌群
①靠摄取光合细菌、酵母菌产生的糖类形成乳酸。乳酸具有很强的杀菌能力，能有效抑制有害微生物的活动和有机物的急剧腐败分解。
②能够分解在常态下不易分解的木质素和纤维素，并使有机物发酵分解。
③能够抑制连作障碍产生的致病菌增殖。
酵母菌群
①利用植物根部产生的分泌物、光合菌合成的氨基酸、糖类及其他有机物质产酵力，合成促进根系生长及细胞分裂的活性物质。
②给可促进其他有效微生物（如乳酸菌、放线菌）增殖所需要的基质，提供重要的给养保障。
③产生的单细胞蛋白是动物不可缺少的养分。
放线菌群
①从光合细菌中获取氨基酸、氮素等作为基质，产生出各种抗生物质、维生素及酶，可以直接抑制病原菌。
②提前获取有害病菌增殖所需要的基质，从而抑制它们的增殖，并创造出其他有益微生物增殖的生存环境。
③对难分解的木质素、纤维素、甲壳素等具有降解作用，并容易被动植物吸收，增强动植物对各种病害的抵抗力和免疫力。
④促进固氮菌和VA菌增殖。固氮菌是细菌的一科，能固定空气中的氮素。VA菌是常见的一种和植物根系共生互惠的微生物，为作物提供多种矿质营养（尤其是磷），同时也从作物中获得自身所需的光合产物，在植物营养、养分循环、土壤改良等方面都具有非常重要的意义。
丝状菌群
①能和其他微生物共存，尤其对土壤中酯的生成有良好效果。
②酒精生成力强，能防止蛆和其他害虫的发生，并可以消除恶臭。
EM菌的具体作用
改良土壤
●形成适于作物生长发育的良好环境，改良土壤结构，促进团粒化，提高土壤肥力，使土壤的渗水、保水、透气能力增强，可逐年减少化肥、农药使用量。
●加速土壤有机物的分解，使有效养分含量明显增加；使土壤中有效微生物迅速繁殖和不断补充，抑制了土壤中病原微生物的侵袭和发展。
●促进以微生物及其分解产物为食的土壤微型动物（如有益螨、蚯蚓类和甲虫类）的数量增加，使整个耕层的微生态系统组成发生根本变化，提高了土壤生物活性和缓冲能力。
促进植物生长发育
●施用EM菌可增强植物叶片光合能力，如叶面喷施EM菌液的果树，叶片增厚、发亮。
●EM菌可促进根系生长，花果期使用还能有效提高坐果率。
●重茬地块施用EM菌，可明显促进长势，提高产量。
提升植物抗病抗逆能力
●EM菌可产生大量有益物质，如氨基酸、有机酸、多醣类、各种维生素、各种生化酶、促生长因子、和抗病毒物质等，提高作物的抗逆性。
●提高水中的溶解氧浓度，有利于根系呼吸；可提高土壤保水能力，同时可强化叶片保护膜，减少水分损失。
●抑制有害微生物的生存与繁殖，减轻并逐步消除土传病虫害和连作障碍。
提高作物产量与品质
●增加作物产量。研究表明，一茬作物每亩施用EM发酵稀释液0.5~1公斤，增产幅度一般为：粮油作物增产10~20%以上，其中大豆可增产10%以上；叶菜类增产8~26%以上，块根块茎类增产幅度更大；瓜果类保花保果率提高40%以上。
●提高作物品质。瓜果类或果树在施用EM菌后，单果重、含糖量等明显提高；花卉可提前半月开花，花朵增多更鲜艳，花期延长。
●延长果品保鲜期。果树采前喷施EM菌，不但能给叶片补充营养，还能使果实保鲜期延长。采后用EM菌稀释液浸泡果实2分钟，晾干再贮藏，同样能使保鲜期延长。
抑制与消除杂草
●EM菌中的乳酸菌群合成乳酸和生理活性物质，可使杂草种子的种皮变软，容易吸收水分，打破休眠，提前发芽，使其因无法越冬而枯死。