复合肥具有养分含量高、副成分少、物理性状好等优点，对于平衡施肥，提高肥料利用率，促进作物的高产稳产有着十分重要的作用。
但它也有一些缺点，比如它的养分比例总是固定的，而不同土壤、不同作物所需的营养元素种类、数量和比例是多样的。因此，使用前进行测土，了解田间土壤的质地和营养状况，另外也要注意和单元肥料配合施用，才能得到更好的效果。
一、复合肥肥效长，宜做基肥。
大量试验表明，不论是二元还是三元复合肥均以基施为好。这是因为复合肥中含有氮、磷、钾等多种养分，作物前期尤其对磷、钾极为敏感，要求磷、钾肥要作基肥早施。
复合肥不宜用于苗期肥和中后期肥，以防贪青徒长。复合肥分解较慢，对播种时用复合肥做底肥的作物，应根据不同作物的需肥规律，在追肥时及时补充氮肥，以满足作物营养需要。
二、复合肥浓度差异较大，应注意选择合适的浓度。
目前，多数复合肥是按照某一区域土壤类型平均养分状况和农作物需肥比例配置而成。市场上有高、中、低浓度系列复合肥，一般低浓度总养分在25%-30%之间，中浓度在30%-40%之间，高浓度在40%以上。要因地域、土壤、作物不同，选择使用经济、高效的复合肥。一般高浓度复合肥用在经济类作物上，品质优，残渣少，利用率高。
复合肥浓度较高，要避免种子与肥料直接接触。复合肥养分含量高，若与种子或幼苗根系直接接触，会影响出苗甚至烧苗、烂根。播种时，种子要与穴施、条施复合肥相距5-10厘米。
三、复合肥配比原料不同，应注意养分成分的使用范围。
不同品牌、不同浓度复合肥所使用原料不同，生产上要根据土壤类型和作物种类选择使用。
含硝酸根的复合肥，不要在叶菜类和水田里使用；
含铵离子的复合肥，不宜在盐碱地上施用；
含氯化钾或氯离子的复合肥不要在忌氯作物或盐碱地上使用；
含硫酸钾的复合肥，不宜在水田和酸性土壤中施用。否则，将降低肥效，甚至毒害作物。复合肥中含有两种或两种以上大量元素，氮表施易挥发损失或随雨水流失，磷、钾易被土壤固定，特别是磷在土壤中移动性小，施于地表不易被作物根系吸收利用，也不利于根系深扎，遇干旱情况肥料无法溶解，肥效更差，所以复合肥应深施覆土。