出现农药药害会在作物的不同部位显示出不同的症状
叶 出现不同颜色形状各异的斑点(喷雾使用斑点多为细小圆形)或焦枯穿孔；叶片失绿(如广灭灵对果树的药害、三氯苯类除草剂对作物的药害等)；叶片黄化(如过量使用赛克津使大豆叶片变为黄色)；叶片烧焦(如莠去津对小麦幼苗的药害)；叶片畸形(如杜耳、拉索使玉米心叶扭曲成鞭状，常称为牛尾巴叶)；叶片脱落等。
果 出现斑果(如褐斑、色斑等，波尔多液可在苹果或梨上产生锈斑)、畸果、落果等。
花 主要是在开花前或开花盛期用药，引起落花、提前凋谢或华而不实等(如波尔多液和油乳剂等在开花期施药会引起果树落花)。
根 引起烂根或变粗(如五氯酚钠对水稻根的药害，2，4D类除草剂在水稻拔节期使用会使茎基部肿大)；根毛稀少。
种子 主要是发芽率降低(如拌种双拌小麦种子，药量超过0.5%会降低小麦种子发芽率)。