幼苗发病，先从根毛开始发生，逐渐扩展。病苗根颈部和根部呈黑褐色腐烂，湿度大时产生灰白色霉。茎部的病斑扩展后可致表皮开裂呈长条形或棱形浅绿色病斑，后又变成暗紫色至黑色。皮层干腐易脆，常形成中空，极易从土中拔起。病苗矮化，叶片皱缩不展或萎蔫，不变色，不久倒伏死亡。
棉花棉黑根腐病病因：
根串珠霉，属半知菌亚门。菌适生长温度为20-25℃。
棉花棉黑根腐病发病条件及传播途径：
（1）菌源。病菌主要以菌丝和厚垣孢子在土壤中的病残体上腐生越冬。
（2）传播。第2年侵染幼苗根系表皮及皮层组织。侵染数天后产生分生孢子和厚垣孢子。主要通过灌溉水和农具及随病残体混入堆肥或厩肥传播为害。分生孢子在土中能存活几个月，厚垣孢子能在土中存活多年。
棉花棉黑根腐病发生规律：
病害发生与气候条件、土壤菌量、寄主抗病性、土壤理化性质等因素关系密切。
（1）寄主抗性。品种间抗病性差异较大，海岛棉较陆地棉容易发病。
（2）环境因素。
①土壤温度15-20℃有利于发病；低于15℃，高于27℃很少发病。
②连作棉田土壤中病菌数量大，发病重。
③粘土较砂土发病重；中性和碱性土比酸性土发病重；贫瘠地发病较肥沃地重；地势低洼易积水的地方死亡率高。
棉花棉黑根腐病防治方法：
（1）农业防治：
①精选种子，适时播种，合理密植，结合间、定苗时拔除病株并烧毁或深埋。
②严禁大水漫灌，雨后及时排水，防止土温降低。出苗后和雨后及时中耕松土，破除板结，提高地温，以利于根系发育，减少发病。
③合理施肥，增施基肥和磷钾肥，以培育壮苗。也可采用无菌营养钵育苗，减少苗期侵染。
④采用透明聚乙烯薄膜在夏季覆盖晒土14-66天，在0-46cm土层内病菌几乎完全被消灭。
⑤与苜蓿和禾本科作物轮作3年以上，可明显降低发病率。
（2）化学防治：
①用种子重量0.5%的50%五多合剂可湿性粉剂，或0.5%的50%的多菌灵可湿性粉剂，或0.5%的70%的甲基硫菌灵可湿性粉剂，或0.5%的30%的苗菌敌可湿性粉拌种。
②田间发病初期用50%多菌灵可湿性粉剂，或70%的甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液灌根或喷雾，或30%的苗菌敌可湿性粉剂1000倍液灌根或喷雾。药剂中加用甲壳素100倍液，或云大120植物生长调节剂3000倍液，效果更好。
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