做好病虫害的防治工作，是种植过程中非常重要的一个环节，对提高产量有着重要意义。稻曲病首要在抽穗扬花期发作，气候条件、田间湿度、氮肥施用状况对病害发作轻重影响很大。
晚稻抽穗扬花期如遇持续阴雨气候，将有利于病菌的侵染与繁衍，病害将发作重。田间湿度大，露重且上午露珠干得迟的状况下发作较重。施用氮肥过量、过迟，叶片成长广大而披垂，田间荫蔽，通风透光性差，稻株氮碳比失调，抗性下降，容易发病且程度加剧。
此外，水稻种类着粒密度对病害发作也有影响，一般着粒密的种类，谷粒上露珠不易干，发作重而遍及，而着粒稀的种类，谷粒上结水时刻较短，一般发作较轻或发作时刻偏晚。杂交稻因其成长旺盛，叶色浓绿、郁闭且开花时颖壳打开时刻稍长，有利于病菌侵略，发作程度要重些。
稻曲病虽以抽穗扬花期易发作，但据研讨，早在孕穗后期就可侵入穗苞。同时结合稻曲病发作损害的各种因素，生产上可从以下几方面着手防治。
1.选用抗病种类：水稻不同种类对稻曲病的抗性不同，根据各地的状况选择栽培抗性强的种类。
2.种子消毒：稻曲病可通过种子传达，应尽量不必已染病的稻种。浸种时用500倍强氯精液浸种消毒10-12小时，或耕种前每100kg种子用15%粉锈宁可湿性粉剂300-400克拌种。
3.加强田间水肥管理，促成长强健。水稻成长期间应合理上肥，增施磷、钾肥，促成长稳健，增强抗性；尤其要稳重施用氮肥，避免氮肥施用过量、过迟，避免贪责晚熟，引起病害。推行薄露灌溉技能，孕穗后期留意田间水管，勿洪流漫灌、长期淹水，宜浅水勤灌，避免田间湿度过大，有利于病菌孢子的萌生与侵略。
4.药剂防治：把握在孕穗晚期用药。
①在破口前2-3天亩用拿敌稳10g或好力克EC10ml兑水60斤喷雾。破口抽穗1/3-1/2时再喷一次。
②破口前5-7天亩用20%三唑酮乳油100毫升或25%粉锈宁（三唑酮）可湿性粉剂100克+40%多菌灵悬浮剂100毫升或50%多菌灵可湿性粉剂100克兑水60斤喷雾。破口抽穗1/3-1/2时再喷一次。
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