辣椒黄萎病多发生在生长中后期，初发病时，近地面的叶片首先下垂，叶缘或叶尖逐渐变黄，发干或变褐，脉问的叶肉组织变黄，茎基部导管变褐，且沿主茎向上扩展达到数个侧枝，致全株萎蔫、叶片枯死脱落。该病扩展较慢，一般多造成病株矮化、节问缩短、生长停滞，造成不同程度的减产。
辣椒黄萎病传播途径和发病条件
病菌以休眠菌丝、厚垣孢子和微菌核随病残体在土壤中越冬，成为翌年的初侵染源。多数报道种子内外带有菌丝或分生孢子，可以做为病害的初侵染源，但也有人认为种子不带菌。土壤中病菌可存活6～8年，在当地混有病残体的肥料和带菌土壤或茄科杂草，借风、雨、流水或人畜及农具传到无病田。翌年病菌从根部的伤口或直接从幼根表皮或根毛侵入，后在维管束内繁殖，并扩展到枝叶。该病苗期和定植后低于15℃持续时间长，易发病。
辣椒黄萎病防治方法
（1）选育抗病品种，生产上单用从辣椒上分离到的辣椒菌株测定品种抗病性，有时不能反映其抗病性，应该同时选用从各种植物如棉花、茄子等上分离的对辣椒致病力不同的菌株，才能准确地测定出其对辣椒黄萎病的抗病性。
（2）甜椒黄萎病是典型土传病害，应与禾本科实行4年以上的轮作，有条件的实行水旱轮作。
（3）提倡施用日本酵素菌沤制的堆肥或腐熟有机肥。苗期或定植前喷50%多菌灵可湿性粉剂600~700倍液。
（4）苗床或定植田用棉隆处理土壤。每m2用40%棉隆10~15g与15kg过筛细干土拌匀，撒在畦面上，后耙入土中，深约15厘米，拌后耙平浇水，覆地膜，使其发挥熏蒸作用，隔10天后播种或分苗，否则会产生药害。
（5）定植田每667m2用50%多菌灵2kg进行土壤。
（6）适时定植。10厘米深处地温15℃以上开始定植，铺光解地膜，避免用过冷井水浇灌；选择晴天合理灌溉，注意提高地温，生长期间宜勤浇小水，保持地面湿润；采收后，开始追肥或喷施促丰宝、惠满丰、爱多收等，如用喷施宝每毫升对水12升，3%过磷酸钙也可。
（7）及时。发病初期浇灌10%治萎灵水剂300倍液或80%防霉宝超微可湿性粉剂600倍、50%苯菌灵可湿性粉剂1000倍液、50%琥胶肥酸铜（DT）可湿性粉剂350倍液，每株灌对好的药液0.5升或用12.5%增效多菌灵浓可溶剂200~300倍液，每株浇灌100毫升。采收前3天停止用药。