小麦黑穗病初期病穗外面包有1层灰色薄膜，小穗全被病菌破坏，种皮、颖片、子房全部变为黑粉，即病菌的厚垣孢子。病穗抽出前，膜已破裂。病穗抽出后，黑粉被风雨吹冲散，只剩裸露的穗轴，在穗轴节部可见到残余的黑粉。
防治措施：常年发病较重地区用适乐时药种比1∶500 或2%立克秀拌种剂10~15g，加少量水调成糊状液体，与10kg麦种混匀，晾干后播种，也可用种子重量0.15%~0.20%的20%三唑酮（粉锈宁）或0.2%的80%多菌灵等药剂拌种和闷种，都有较好的防治效果。冬麦不宜播种过迟，播种不宜过深，播种时施用硫铵等化肥作种肥，可促进幼苗早出土，减少腥黑穗病的侵染机会。
在采取选用抗病品种、轮作、药剂处理等综合防治措施的基础上，于抽穗前阿后，拔出未扩散黑粉的病株，带到田外深埋。
①保护地栽培的棚室要早扣棚膜，烤棚并结合防治灰霉病用硫磺进行环境消毒。②掌握适宜密度，株间通透性良好。③合理灌水，雨后及时排水，防止湿气滞留。保护地改明灌不膜下软管渗灌或滴灌，减少空间湿度。④保护地要加强放风排湿，清洁棚膜增加光照。⑤及时防治蚜虫、白粉虱。⑥发病初期及时进行药剂防治，可用50%多霉灵1500倍液，或40%丹500倍液，或50%多菌灵500倍液，或2%武夷素200倍液。
在发病初期，可交替用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液，或65%甲霜灵可湿性粉剂500倍液，或40%多？硫悬浮剂800倍液，或50%苯菌灵可湿性粉剂1000倍液，每隔7天喷药1次，连续2-3次