莲藕主要病虫害有腐败病、褐斑病、黑斑病、叶枯病等，虫害主要有斜纹夜蛾、莲蚜、福寿螺。坚持“预防为主、综合防治”的植保方针，优先采用“农业防治、物理防治和生物防治”措施，配套使用化学措施的原则。
1、莲藕病害防治
1.1腐败病。选择无病良种；实行轮作；对酸性重的土壤每亩施50—100公斤生石灰进行改良；发病时用50%的多菌灵可湿性粉剂600倍液，或70%的甲基硫菌灵800—1000倍液喷施。
1.2褐斑病、叶枯病、黑斑病。发病初期用75%的百菌清600倍液，或70%的甲基硫菌灵800—1000倍液喷施或70%代森锰锌500倍液喷施，7—10天1次，喷2—3次。
2、莲藕虫害防治
2.1斜纹夜蛾。低龄幼虫有群集的特点，进行人工除卵灭幼虫；药剂防治可选择2.5%溴氰菊酯2000倍液或3.15%阿维菌素2000倍液或50%的辛硫磷乳剂100倍液喷施。
2.2莲蚜。用50%的抗蚜威可湿性粉剂2000倍液或2.5%的天王星乳油1500—2000倍液或80%的敌敌畏乳油1500—2000倍液喷施。
2.3福寿螺。人工捡螺、除卵；每亩可用6%的密达颗粒剂50克撒施或用45%百螺敌粉剂60—70克拌细土撒施。
莲藕褐斑病
【发病特征】荷叶部常见的一种病害，叶上产生淡褐色病斑，引起病叶局部干枯。
【防治方法】合理密植，确保藕田通风透光；适当增施磷钾肥，提高植株抗性，及时病株残体。发病初期用25％多菌灵600倍液，或75％百菌清1000倍液喷雾。
莲藕黑斑病
【发病特征】莲藕黑斑病又称褐纹病，仅发生在叶片上，严重时病斑汇合，叶片枯黄。
【防治方法】冬季田间病残叶并集中烧毁。发病初期摘除病叶，并喷药防治。常用70％甲基硫菌灵1000倍液，或65％代森锌600倍液，或1：1：160－200倍波尔多液，每隔10－15天喷1次，共喷2－3次。