芸豆根部病害会导致其产量的降低，一般情况下芸豆红根病主要是根腐病和炭疽病，重者死棵。防治方法，在定植时，可用50%多菌灵+50%福美双，每栽1千株用药各1.5斤，加细干土10斤拌匀，撒于穴内。然后再栽植，防效良好。如果在生长期发现有死棵，可用50%多菌灵+50%福美双500倍液灌根，每株灌药液150~250克，一次即可。
一、要注意施肥，或者沟施菌肥，这样可以有效的抑制土传病害，而且还能够促进生新根能力，合理使用菌肥是为理想的防治方法。利用以菌抑菌的道理预防根部病害，这样可以起到事半功倍的效果，而且在菌繁殖的过程中，还会产生的代谢产物，这些产物可以促进根系生长。
二、要控制棚室温度，这样可以确保芸豆正常坐荚。要保持较高的温度，这样可以促进茎蔓的发育;在芸豆开花的期间，白天要把温度控制在20-24℃作用，不能超过24℃，这样可以防止温度过高而引起芸豆落花;而在结荚期，可以适当的提高温度，这样有利于果实和茎蔓的发育。
三、除了以上的两种防止方法之外，还可以选用无病种子播种、与非豆科作物轮作二年、喷布0.5%波尔多液杀虫等方法，这些方法都是比较有效的。