菌肥在施用上需要留心的事项：
因地制宜 对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果更明显。
因温制宜 施用菌肥的温度是25℃～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适宜土壤的含水量是60％～70％。
因混制宜 应注意，不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。
因量制宜 对于多年来施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到、第二、第三年分别取代30％、40％和60％，磷、钾肥只能补足，不能减少。
因时制宜 生物菌肥不是肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7～10天施用，效果。
一、选择质量可靠的产品
菌肥必须保存在低温、阴凉、通风、避光处，以免失效。有的菌种需要特定的温度范围，所以菜农应谨慎选择菌肥产品。不可以贪图便宜选择过期产品，一般超过两年的生物菌肥要慎重选择。没有低温贮存条件的单位和个人，购买生物菌肥后应在短期内使用。
二、使用方法要得当
生物菌肥可作基肥，撒施、沟施或穴施；也可作追肥，灌根、冲施、喷施等。生物菌肥穴施效果较好，尤其是土壤中病原菌积累较多时，此外，用生物菌肥蘸根不仅有促进蔬菜根系生长的作用，而且对抑制蔬菜根部病害的发生也有显着的效果。
三、满足生物菌肥肥效发挥条件
菌肥中的菌种只有经过大量繁殖，在土壤中形成规模后才能有效体现出菌肥的功能，为了让菌种尽快繁殖，就要给其提供合适的环境条件。调控好地温、土壤的湿度，保持良好的土壤通气性和适宜的土壤PH值。
四、尽量减少微生物死亡
施用过程中应避免阳光直射；蘸根时加水要适量。生物菌肥不宜与杀虫剂、杀菌剂及含有杀虫剂、杀菌剂的包衣种子合用或混用，使用菌肥后不要再用农药灌根，以免将菌肥中特定微生物杀死。
五、注意施足有机肥
有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分。如果土壤中的有机肥施用不足，生物菌就会因食物缺乏而使用效果不良。如果土壤中的有机质供应充足，生物菌肥中的益生菌就会大量的繁殖，从而增强对有害菌的抑制。因此，施用生物菌肥时一定要注意施足有机肥。
六、与其他肥料搭配施用
微生物菌肥本身养分含量低，必须与其他肥料搭配施用。菌肥除了不宜与碳酸氢铵等化肥混用外，与其它化肥混用还有不少好处。单独施用较大量化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，若与菌肥混合后施用，则不会发生此类问题。
七、注意适量施用
土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，会使蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的身体健康，恶化土壤质地，因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。
八、不宜将多种生物菌肥同时使用
生物菌肥要发挥作用，需要有益微生物大量繁殖才能发挥作用。而微生物与微生物之间存在互生、共生和对抗三类关系，其中对抗关系又包括拮抗、寄生、竞争、捕食等多种类型。要注意不断补充新的菌肥，如基肥中用过后，可多次追同一种生物菌肥，以壮大菌群，提高防效。