芝麻不能连茬主要有两个方面的原因：其原因之一是，芝麻连茬种植会使病害加重。在芝麻生产的过程中，许多致病的病原菌如茎点枯病、青枯病、疫病等，都是在芝麻收割后，残留在土壤中越冬的。
如果第二年重茬种植芝麻，这些病原菌就会成为重茬芝麻的侵染来源。若重茬时间越长，土壤中的病原菌就会越多，芝麻的病害也会越来越严重。受病害侵染，芝麻植株会出现发育不良、单株矮小，落花少蒴等病状，严重的甚至会发生大片凋萎死亡。其原因之二是，芝麻是需肥较多的作物，连茬种植会导致养分失调，打破土壤肥力平衡，造成氮、钾缺乏，芝麻产量难以提高。
所以，芝麻连茬种植是不科学的，应当避免。