常用的氧化性杀菌剂有这几种：液态氯、二氧化氯（CLO2）、过氧乙酸、溴氯海因、二氯异氰尿酸钠（优氯净）、三氯异氰尿酸（强氯精）。
氯的杀菌作用是氯在水中生成分子状态的次氯酸，次氯酸分子能穿透微生物的细胞膜与蛋白质生成稳定的N-CL键，使呼吸作用所必需的还原酶减弱或失去活性，较高浓度时会破坏细胞壁。添加到水中的氯以次氯酸的形式存在的比例越高，杀菌效果越好。
氯处理的效果很快，水中的原生动物（如草履虫和纤毛虫）和轮虫等，通氯之后很快就被杀死。藻类比细菌更容易被氯杀死，加氯的浓度达达1mg/L，就能杀死大部分藻类。使蓝藻和硅藻致死的氯浓度分别为0.5-1.01mg/L和0.1-1.01mg/L。