土壤通透性是指土壤空气与大气进行交换的能力，以及土壤内部气体扩散的特性。土壤通气不良，将抑制作物根系的呼吸作用，进而削弱根系吸收水肥的功能。果根保生物菌肥从根本上改良土壤，增加土壤有机质、促进土壤团粒结构形成，松软透气，保土保肥。
不同的作物对氧气的需求有差异。但任何作物所需要的氧气得不到满足，其生长都将受到影响，缺氧越严重影响越大。
土壤的通透性与水有直接关系，在土壤体系中，水具有两面性：没有水，植物无法吸收到土壤中的养分；水分过多，造成土壤通气性差、氧气不足，冬春季还会使土温过低，有毒物质积累，进而影响植物的生长发育。
土壤的通气状况对土壤中微生物的影响。通气不良时，厌氧微生物占优势，有机质分解速度变慢，养分释放少，会形成硫化氢，低价铁锰等有害物质。通气过强（如旱地的粗砂土），则好氧微生物占优势，有机质分解强烈，影响土壤有机质的利用与积累。
土壤通气不良对根系吸收不同养分的影响程度不一，总体上对氮、磷的吸收影响大。经常不断地调节土壤空气状况，对作物丰收很重要。改良土壤质地，增施有机肥料，改善土壤结构，增强土壤通气性；对缺磷土壤更要重视开沟排水，降低地下水位。
调节和改善土壤通气状况的措施，归纳起来为：
1、建立合理的排灌系统，排除滞水，保持合适的土壤水分；
2、采用各种办法改良土壤结构，解决水与气的矛盾，其中有效和应用广泛的就是垄作。
3、适当深耕，结合增施用果根保微生物菌肥。适时中耕松土，可破除因雨水和灌溉水造成的土壤结皮，改善土壤通气性！