稻曲病只发生于水稻穗部，为害部分谷粒。受害谷粒内形成菌丝块渐膨大，内外颖裂开，露出淡黄色块状物，即孢子座，后包于内外颖两侧，呈黑绿色，初外包一层薄膜，后破裂，散生墨绿色粉末，即病菌的厚垣孢子，有的两侧生黑色扁平菌核，风吹雨打易脱落。
发病条件
（1）在水稻破口、始穗、扬花期多雨寡照，相对湿度过高极有利于稻曲病侵染发病。病菌在气温24-32℃发育良好，适温度为28℃。低于12℃，高于36℃不能生长。
（2）不同水稻品种发病程度有很大差别，一般紧穗型或晚熟品种易发病，而散穗型早熟品种发病轻。
（3）不同施肥方法发病不同，在相同施肥量条件下，随着穗肥量的增加，病情加重。另外，偏施氮肥，深水灌溉，田间水层落干过迟发病重。
防治措施
（1）选择抗病品种，建立无病种子田。
（2）改进栽培措施，做到合理施肥，增施磷钾肥，防止氮肥迟施、过量，穗肥偏多，水层过深。提倡稀植，少苗壮株，改善通风透光条件。搞好秋翻地，把病原菌深埋在土壤中。
（3）用50%多菌灵1000倍液浸种48-72小时，进行种子消毒。在水稻抽穗前7-10天，每亩用6%多菌酮粉剂1.5-2千克或用DT杀菌剂150克，对50千克水喷雾，防治效果都很好。
（1）选用抗病品种，如中国南方稻区的广二104，选271，汕优36，扬稻3号，滇粳40号等。中国北方稻区有京稻选1号，沈农514，丰锦，辽粳10号等发病轻。
（2）避免病田留种，深耕翻埋菌核。发病时摘除并销毁病粒。
（3）改进施肥技术，基肥要足，慎用穗肥，采用配方施肥。浅水勤灌，后期见干见湿