丝瓜也发生疫病。瓜条染病形成近圆形稍凹陷的水渍状病斑，广东称“打印”，后逐渐扩展到整个瓜条，致病瓜皱缩软腐，表面长出灰白色霉状物，即病原菌孢囊梗和孢子囊。
疫病可危害丝瓜叶片、茎蔓、果实。危害茎蔓，以茎基部和节部发病较多，病部水浸状，暗绿色，软化缢缩，但维管束不变色。病部以上茎叶萎蔫下垂，重时枯死。该病病菌以菌丝体、厚垣孢子或卵孢子随病残体在土壤中越冬。卵孢子在土壤中可存活5年之久。该病发展主要取决于湿度，夏季雨后暴晴病势发展极为迅速。田间发病高峰往往紧接在雨量高峰之后。
防治该病，要求选用抗耐病品种，如棒丝瓜等；
避免连茬种植，重病田应与非瓜类作物实行3-5年轮作；
施充分腐熟的粪肥，增施磷、钾肥，避免偏施氮肥；
适当控制灌水，雨后及时排水，灌水和下雨后，地面不能有积水。
前期发现病株，及时拔除深埋或烧掉。在发病前或初见发病时，连续用药防治。药剂可选用58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液、80%乙膦铝可湿性粉剂500倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液、72.2%普力克水剂700倍液、72%克露可湿性粉剂600倍液、18%甲霜胺锰锌可湿性粉剂600倍液、30%绿得保胶悬剂400 倍液、77%可杀得可湿性微粒粉剂600倍液。也可以用70%敌克松可湿性粉剂1000倍液灌根。
（1）选用天河夏丝瓜、3号丝瓜、长度水瓜、短度水瓜等耐湿品种，可减轻发病。
（2）采用高畦栽培，可减少与病菌接触、提高地温可起到早熟避病作用，如能采用地膜覆盖，效果更好。
（3）加强水肥管理，施用酵素菌沤制的堆肥，增施磷钾肥，适当控制氮肥，有条件的采用配方施肥技术。
（4）尽量使瓜坐在垅上或高畦的畦面上，浇水时水深不要超过茎基部或坐瓜部位。发现病株立即拔除，并撒生石灰消毒。
（5）中心病株出现后及时喷洒72%霜脲锰锌（克抗灵）可湿性粉荆800倍液或72%杜邦克露或72%克霜氰可湿性粉剂800～1000倍液、56%靠山水分散微颗粒剂800倍液、18%甲霜胺；锰锌可湿性粉剂600倍液、70%乙膦；锰锌可湿性粉剂500倍液、每667m2喷对好的药液50升，隔10天左右1次，视病情防治2～3次。甜瓜霜霉病与自粉病混发时，为减少打药次数可选用72%霜脲锰锌可湿性粉剂1000倍液加20%三唑酮乳油2000倍液；霜霉病与炭疽病混发时，可选用72%霜脲锰锌可湿性粉剂1000倍液加50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液；霜霉病与细窟性角斑病混发时，可选用60%琥-乙膦铝（DTM）可湿性粉剂500倍液或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液加40%三乙膦酸铝可湿性粉剂300倍液兼防两病。
生产上对上述杀菌剂产生抗药性的地区，可改用69%安克锰锌可湿性粉剂或水分散粒剂1000倍液。采收前3天停止用药。