酵素菌技术应用于种植业，主要是制成各种酵素菌肥料。按其用途可以分为：酵素菌堆肥和作物重茬专用肥（土曲子)；酵素菌粒状肥和液体肥；酵素菌叶面喷肥三大类。
酵素菌堆肥通常用作基肥，施入土壤后，能够控制土壤的各种病害传播，克服作物的重茬病害，并能产生大量的腐殖质，改善土壤的理化性状；能够增强土壤的保水保肥能力，提高地温3?5℃，对各种保护地栽培的作物十分有利。
作物重茬粒状肥（土曲子)是一种土壤活化剂和杀菌剂，不但能培肥地力，还能产生大量抗菌素，起到杀菌灭虫作用，能解决作物的重茬（烂根)问题。果园和蔬菜地使用一般用作基肥。酵素菌粒状肥包括高级粒状肥、磷酸粒状肥和鸡粪粒状肥。高级粒状肥可取代化肥促进作物生长，改善品质，适宜于以生食为主的蔬菜和水果，它既能作基肥，又能作追肥。磷酸粒状肥能有效地提高磷肥利用率，适宜于以果实和根茎为主的作物，利用该肥培育的幼苗，根系发达、抗逆性强，定植后缓苗快。鸡粪粒状肥能为作物提供丰富的氮源，大大减少病虫害，有利于作物生长。
酵素菌液体肥施入土壤后，能促进作物根系生长，增强根的活力，特别是重茬地或者是土壤板结、病虫害严重的地块，施用后效果尤为显著。
酵素菌叶面喷肥又称黑砂糖农药。主要是由碳水化合物的淀粉组成，经发酵作用产生葡萄糖。这种葡萄糖可透过作物表面细胞进入深层细胞，从而改善农产品品质，施用后，可以克服过量氮引起的植株障碍，促进光合作用，消除由于不良天气对作物造成的减产或病害流行。
酵素菌技术应用于种植业，主要是制成各种酵素菌肥料。按其用途可以分为：酵素菌堆肥和作物重茬专用肥（土曲子)；酵素菌粒状肥和液体肥；酵素菌叶面喷肥三大类。
酵素菌堆肥通常用作基肥，施入土壤后，能够控制土壤的各种病害传播，克服作物的重茬病害，并能产生大量的腐殖质，改善土壤的理化性状；能够增强土壤的保水保肥能力，对各种保护地栽培的作物十分有利。
酵素菌粒状肥包括高级粒状肥、磷酸粒状肥和鸡粪粒状肥。
酵素菌叶面喷肥又称黑砂糖农药。施用后，可以克服过量氮引起的植株障碍，促进光合作用，消除由于不良天气对作物造成的减产或病害流行。
1、菌类与作物的共生共荣效应
同种的生物可以有共生效应，不同种的生物也有共生效应。生物学上所说的“共生”含义，主要是指不同种的两个个体在生活中彼此相互依赖的现象。
菌根是自然界中一种普遍的植物共生现象，是土壤中的菌根真菌菌丝与高等植物营养根系形成的一种联合体。共生真菌从植物体内获取必要的碳水化合物及其他营养物质，而植物也从真菌那里得到所需的营养和水分等，从而达到一种互利互助的高度统一的联合体。
现代科学已能确认植物与微生物间不可分离的共生关系。植物根部分泌物质来供应微生物的需求，同时微生物也生产各种不同物质来回报植物体，两者实际上乃是共生的伙伴。要使植物生长茂盛，除了水分、养分之外，足够的有益微生物乃是重要的必要前提。
植物体包括根、茎、叶、花、果实，事实上它整体的表面穿着有一件微生物的外衣。在土壤中根的表面周围约5厘米的范围内，重重地围绕着高密度的微生物，称之为“根圈菌”。植物排出其特有的分泌物吸引无数的根圈微生物于其周围，使得根部周围的微生物密度远超出非根部的土壤区域，生活在根圈的微生物也分泌出各种有机物，包括氨基酸、低分子醣类、低分子核酸、生长激素及各种酵素等等，这些有机物对植物生长、生殖等生理作用有显著的效果，对农产品的质与量的提升贡献很大。
也有的微生物侵入根部组织内，在根细胞繁殖，这类称之为“菌根菌”，但它不但不破坏根部组织，却更能与根部细胞交换物质，共存共荣，促使根部活力、吸收力的增强，有利于植物健全的生长与自然抗病力的加强。在植物体表面也附着有无数的微生物，这一些微生物的存在，不但能使植株强壮，更能保护植物、减少病害。要达到有机农业“减农药”、“减化肥”的目标，就决定于有益微生物在耕地上的培养之成功与否。
2、养分协调效应
微生物肥料主要依靠微生物新陈代谢活动发挥肥效，具有有机肥的长效性和化肥的特性，对蔬菜作物营养供应平稳且全面。由于氮素营养来源于生物固氮，而且固氮活性受植物对氮元素营养需要生理习性的调控，只要作物不断对氮素营养需要，在满足固氮微生物所需要的固氮条件的基础上，氮素营养就会得到。
提高化肥利用率的作用。随着化肥的大量使用，其利用率不断降低已是众所周知的事实。这说明，仅靠大量增施化肥来提高作物产量是有限的，更何况还有污染环境等一系列的问题。为此各国科学家一直在努力探索提高化肥利用率达到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途径。所以，根据我国作物种类和土壤条件，采用微生物肥与化肥配合施用，既能增产，又减少化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。
改良土壤作用。微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，与植物粘液，矿物胶体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定的条件下，还能参与腐殖质形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性状，有利于提高土壤肥力。
微生物肥料提供对作物生长有益的微生物，通过其分解、转化等作用，土壤中有很多种养分才能被作物吸收利用。有益微生物含量少的土地，农作物必需的营养元素就不能被很好吸收和利用。有针对性地使用微生物菌肥料，就像我们发馒头需要用“老面”、做泡菜需要用“老盐水”一样，可以显著地提高土壤肥力，增加植物养分的供应量，促进植物生长，还能长效地修复和保护地力，让土壤有“后劲”。