菌肥是从自然界中采集到的活性菌种，经人工提纯、复壮等技术加工研制而成的一种无公害新型复合生物肥。好的菌肥，如金宝贝菌肥，不仅含有大量固氮、解磷、解钾活性菌，还含有有机质、腐殖酸和微量元素等。在施用过程中应注意以下几点：
有效期。存放时间超过有效期的微生物肥料不要使用，目前我国微生物肥料有效菌存活时间超过1年的不多，所以选购的微生物肥料要尽快使用，过期的微生物肥料效果肯定不好。也有一些微生物肥料可以存放比较长，拿金宝贝微生物菌肥来说，一般来说金宝贝微生物菌肥当中可以正常存放2年，如果超过4年的话，其菌种的休眠状态可能被破坏。
温度。施用菌肥的温度是25-37摄氏度，低于5摄氏度，高于45摄氏度，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适温度土壤的含水量是60%-70%。
地点。对含硫高的土壤和透水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。
菌数。有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买，国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克（颗粒1亿/克），复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克。如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。金宝贝微生物菌肥中活效菌数，大约 4～6亿/克。
时期。生物菌肥不是肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天施用，效果。
混合。应注意，不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。
用量。对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应。因此，其取代量应做到、第二、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。
1、根据田间实际状况对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。
2、根据土壤墒情施用菌肥的温度是25℃～27℃，低于5℃、高于45℃，施用效果较差。同时还应掌握固氮菌适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度为适宜。
3、不能和其他农药混用为防止活菌致死注意千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。
4、与化肥混用要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
5、因量制宜对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代理应做到、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。
6、因时制宜生物菌肥不是肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果。
7、不同种类的菌肥也不宜混用。目前，市场上的菌肥种类很多，其所含的活性菌不同，它们之间是否有相互抵制作用还不是很清楚，若相互抵制，则会降低肥效。
⊙一、根据田间状况选用。对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒肥，可采用喷雾的方法，效果更明显。
⊙二、根据土壤墒情施用。施用菌肥的温度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。高温、低温、干旱条件下不宜施用。同时还应掌握固氮菌适宜的土壤湿度，以60%左右为宜，即见干见湿的土壤为适宜。
⊙三、不能和其他农药混用，防止活菌致死。注意千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等以及稻草灰混用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。
⊙四、与化肥混用，要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
⊙五、用法用量要合理。对于多年来施用化肥的田块，施用了生物菌肥也不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。
⊙六、施用时间要合理。生物菌肥不是肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果。同时对不同作物或同一作物的不同时期，要选用不同的施用方法。作物叶背茸毛的多少、叶片蜡质的厚薄都会影响其使用效果。