莴苣菌核病为真菌性病害，植株感病后，先是近地面的叶柄呈米黄色腐烂，然后叶片枯萎，接着整株腐烂。湿度大时，病部产生白色棉絮状物，后期在茎内外产生黑色鼠粪状菌核，病株叶片变黄，凋萎，全株枯死。土壤中的菌核在秋天或春天长出子囊盘散出子囊孢子，随空气传播。
在整地前对田间灌水，可使菌核死亡。早春多雨天气，保护地内提倡每亩使用45%乙熏灵250克或50%百菌清粉尘剂1000克防治，每周一次，连续2～3次。还可选用50%速克灵可湿性粉剂1000～1200倍液、50%农利灵可湿性粉剂1000倍液、40%施佳乐悬浮剂800倍液、65%腐霉灵可湿性粉剂600～800倍液、40%嘧霉胺可湿性粉剂600倍液、40%菌核净可湿性粉剂500倍液、50%苯菌灵粉剂1500倍液、50%扑海因可湿性粉剂600～800倍液喷雾，7～10天一次，连续3～4次。
①选用抗病品种 根据各地的环境，选用红皮圆叶等较抗病的品种进行栽培。
②合理施肥 施足基肥，增施磷钾肥，避免偏施氮肥。
③种子消毒 播种前用50～55℃的温水浸种10～15 min，后移入冷水，然后取出晾干后播种。
④土壤消毒 每1 m2用50%多菌灵可湿性粉剂9 g，与干细土10 g拌匀后撒施，消源。
⑤药剂防治 发病后可喷洒40%菌核净可湿性粉剂500倍液、50%乙烯菌核利可湿性粉剂1 000～1 500倍液，或50%腐霉利可湿性粉剂1 500倍液，或50%异菌脲可湿性粉剂1 500倍液，或50%福·异菌可湿性粉剂800倍液，有条件的选用上述药剂的粉尘剂喷粉或采用常温烟雾施药防治效果更理想。